Vojny vyvolali početné kmene Sarmatov, ktoré vpadli zo severu do Rímskej ríše a ktoré nasledovali germánski Markomani a Kvádi. Útočníkom sa podarilo preraziť obranné línie Rimanov v provincii Panónia (dnešné Maďarsko), zničiť dôležité vojenské tábory Vindobona a Carnuntum, vtrhnúť až do severnej Itálie a obkľúčiť mesto Aquileia. Marcus Aurelius ich zahnal späť za Dunaj a v roku 172 začal mohutnú ofenzívu (expeditio Germanica prima). Pri hlavnom meste provincie Carnunte (medzi dnešnou Bratislavou a Viedňou) vybudoval pontónový most cez Dunaj a začal trestnú výpravu proti Germánom. Táto výprava prenikla hlboko na ich územie a vo veľkej bitke porazili početnejšiu armádu Sarmatov a Kvádov, s ktorými v roku 175 napokon uzatvorili mierovú zmluvu.
Už o dva roky sa však konflikt zopakoval a Rimania Germánov opäť porazili (expeditio Germanica secunda). Na pôvodne germánskom území zostala okupačná armáda o sile 40 000 vojakov a vznikli úvahy o vzniku provincií Marcomannia a Sarmatia na území dnešného Česka a Slovenska. Zámer však prekazila smrť cisára Marka Aurelia v roku 180, po ktorej jeho nástupca, syn Commodus, boje ukončil a uzatvoril s germánskymi kmeňmi mierovú zmluvu, ktorá dočasne obmedzila samostatnosť jednotlivých kmeňov.
Fázy markomanských vojen
1. fáza (165/6 – 171/172) – útok barbarských kmeňov na Rímsku ríšu – konflikty sa odohrávali prevažne na území ríše
3. fáza (175 – 179/180) – po krátkom mieri opätovné boje, po smrti Marka Aurelia uzavrel jeho syn a nástupca Commodus s Germánmi mier
pri obnovení bojov v roku 177 sa vojsko pohybovalo hlboko na území protivníkov a z tejto doby (zima 179/180) pochádza i známy Rímsky nápis v Trenčíne
Prvé dve fázy bývajú označované ako prvá markomanská vojna, tretia fáza ako druhá markomanská vojna.
Dohra
Vojna odhalila slabiny severnej hranice Rímskej ríše a následne bola polovica rímskych légií (16 z celkového počtu 33) dislokovaná pozdĺž Dunaja a Rýna. Pre germánske kmene, hoci boli zadržané a porazené, predstavovali markomanské vojny len predohru veľkých invázií, ktoré napokon celkom rozložili a spôsobili zánik Západorímskej ríše v 4. a 5. storočí.