V roku 1509 ju vydali za vojvodu d´Angoulème, v roku 1527 sa druhýkrát ako vdova vydala za navarrského kráľa Henricha II. Navarrského, ktorý bol o 9 rokov mladší. Porodila mu dcéru, Jeanne d´Albret (v Navarrskom kráľovstve vládla ako Jana III.), ktorá sa ako jediná z detí dožila dospelosti a stala sa matkou budúceho kráľa Henricha IV. Navarrského.
Keď Margitin brat František I. nastúpil na trón Francúzska, Margita sa presťahovala z pochmúrneho hradu a chudoby na dvor, kde žiarila ako hviezda – obľúbená kráľova sestra. Margita sa zúčastnila ako hlavná vyjednávačka zložitých politických rokovaní medzi Francúzskom a Španielskom roku 1525. Po prehranej bitke pri PaviiFrantišek I. padol do zajatia Karola V. Španielskeho. Bolo ho treba dostať von. Zložitá situácia Valoisovcov sa dala vyriešiť zámenou kráľa za rukojemníkov – jeho dvoch synov, pretože nechcel dať ako výkupné Burgundsko. Toto bol postoj kráľovho radcu Montmorencyho proti inému názoru Margity Navarrskej. Po jej odchode z miesta jednaní tento prístup sa aj presadil a František I. sa odmietol vrátiť do zajatia, nechal v ňom svojich synov päť rokov. Margita naprávala kráľove chyby a stala sa do budúcnosti jeho oporou. A naopak.
Po roku 1535 na svojom dvore v Néracu udržiavala a chránila umelcov a umiernených reformátorov katolicizmu tej doby a sama tvorila nevyhýbajúc sa novým vplyvom talianskej renesancie. Za jej frašku Inkvizítor, v ktorej vytvorila postavu fanatického a zlého inkvizičného sudcu, bola hnaná pred súd. Zachránilo ju jej postavenie a kapetovský pôvod orleánskej princeznej.
Jej druhý problém s inkvizíciou v atmosfére protireformácie vznikol v roku 1525. Podporovala evanjelický humanistický krúžok „Cénacle de Meaux“, ktorý bol v roku 1525 rozpustený a členovia popravení. Opäť ju zachránil kráľovský brat František I..
A do tretice poéma Le miroir de l´Âme Pécheresse (Zrkadlo hriešnej duše). V roku 1529 ju odsúdila za ňu Sorbonna, v atmosfére protireformácie ju udal jej chránenec Gérard Roussel. Do situácie zasiahol jej brat kráľ a chránil ju. Zrkadlo hriešnej duše je poéma s 1434 desaťslabičnými veršami –hexametrami a združeným rýmom.
Dielo
Ako spisovateľka predstavuje ojedinelý zjav ženskej autorky 16. storočia. Písala duchovné piesne, morality, frašky, mystériá (náboženské divadlo), lyrické skladby-poémy a novely. Jej básne vyšli pod názvom Marguerites de la Marguerite des princesses v roku 1547 a Dernières poésies – Posledné verše (r. 1890).
Najvýznamnejší opus je jej zbierka noviel Heptameron (L´Héptameron). Vzorom na jeho napísanie bol BoccacciovDekameron. Základný dej je podobný: päť mužov a päť žien sa vracia z pyrenejských kúpeľov Cauterets, keď ich zastaví povodeň a strhnutý most, uchýlia sa do kláštora Notre-Dame de Sarrance.
Každý deň počas čakania si krátia rozprávaním príbehov stretajúc sa na lúke. Niektoré z príbehov sú napodobnením Dekameronu, niektoré sú starofrancúzske príbehy "fabliaux". Iné reflektujú vtedajšie historické osobnosti, Marguerite, jej manžela a svokru, Františka I. Počas ôsmich dní si porozprávajú 72 príbehov, súbor má teda 72 noviel.
Dielo malo byť pôvodne literatúrou faktu, účastníci si rozprávali poučné príbehy zo skutočného života. Heptameron sa preto vymyká z vtedajšieho sentimentálneho štýlu. Autorka písala stroho a autenticky ako muž. Jej spoločnosť podávala príbehy zo života vo forme akýchsi sťažností vazalov svojej princeznej. V novelách vystupuje široké spektrum postavičiek a postáv vtedajšej spoločnosti. Rozprávači si najviac sťažujú na túlavých mníchov. Dielo je určené vzdelanej časti poddaných. Formálne sa Heptameron odlišuje od Dekameronu v kompozícii každého príbehu. V Heptamerone sa na konci nenachádza poučenie vo forme veršovanej balady ako u Boccaccia ale voľná debata krúžku dám a pánov na tému príslušného príbehu. Poučovanie či moralizovanie autorky tu chýba. Zrejme jej išlo o názorné stvárnenie problému bez toho aby vnucovala čitateľovi názor. Heptameron je zaujímavé svedectvo o živote a reáliách prvej polovice 16.stor. vo Francúzsku. Možno ho považovať za pomerne verné a pravdivé, veď už autorkina dcéra Jeanne d´Albret odmietla zmenené vydanie a radšej našla pre knihu iného editora. Čo sa týka filozofických východísk diela, v novelách sa prejavuje vplyv feminizmu, novoplatonizmu a kalvinizmu. Marguerite napísala Heptameron na zámku Amboise a Clos Lucé, kde ju pozval jej brat František I.
Perly perly medzi princeznami, 1531, publikácia poukazuje na jej názory na intolerantnosť
La Navire, ou Consolation du roi Francois I. á sa soeur Marguerite (Loď alebo vďaka kráľa Françoisa I. svojej sestre), 1547
Dialóg vo forme nočnej vízie(Le dialogue en forme de vision nocturne). Je v nej prejavený mysticizmus. Témou je rozhovor s posmrtným zjavením sa mladučkej Charlotte, jej netere. Poéma je napísaná v tercínach, 1260 veršov. Tieto tercíny sa deklamovali zvýšeným hlasom podľa talianskeho vzoru. Vyšlo v r. 1524.
