Margaréta mala napriek hlbokej zbožnosti a asketickým sklonom trvalý vplyv na rozhodnutia svojho manžela. Spolu s ním ju 6. januára1309 v Aachene korunovali na rímsku kráľovnú. Sprevádzala ho aj počas jeho rímskej jazdy.
Počas obliehania Brescie ochorela a o pár mesiacov zomrela v Janove (14. december 1311). Tu ju pochovali vo františkánskom kostole San Francesco di Castelletto, v blízkosti hlavného oltára. Náhrobok, ktorý na objednávku cisára Henricha VII. vyrobil Giovanni Pisano sa však nezachoval, pretože kostol začiatkom 19. storočia zbúrali.