Lyzidín (nukleozid)

Lyzidín
Lyzidín
Lyzidín
Všeobecné vlastnosti
Sumárny vzorec C15H25N5O6
Synonymá 2-lyzyl-cytidín
Fyzikálne vlastnosti
Molárna hmotnosť 371,39 g/mol
Ďalšie informácie
Číslo CAS 144796-96-3
Pokiaľ je to možné a bežné, používame jednotky sústavy SI.
Ak nie je hore uvedené inak, údaje sú za normálnych podmienok.

Lyzidín je nezvyčajný nukleozid, ktorý sa málokedy vyskytuje mimo tRNA. Je to derivát cytidínu, ktorého karbonylová skupina bola nahradená za aminokyselinu lyzín. Tretia pozícia antikodónu tRNA špecifickej pre izoleucín je typicky zamenená z cytozínu (ktorý by sa pároval s guanozínom) za lyzidín (ktorý sa páruje s adenozínom).[1] Uridín na tejto pozícii nie je možné použiť, i keď sa bežne páruje s adenozínom, pretože pri wobble párovaní báz sa takisto páruje s guanozínom. Lyzidín teda umožňuje presnejšiu transláciu.[2][3] Lyzidín sa označuje písmenom L[4] alebo ako k2C[5] (lyzín viazaný na C2 atóm cytidínu).

Lyzidín sa páruje s adenozínom podobne, ako sa cytidín páruje s guanozínom. R označuje ribózu. Šípky naznačujú vodíkové väzby od vodíku k akceptorom. Lyzidín je označený písmenom L.

Referencie

  1. ↑ SALOWE, Scott P.; WILTSIE, Judyann; HAWKINS, Julio C.. The Catalytic Flexibility of tRNAIle-lysidine Synthetase Can Generate Alternative tRNA Substrates for Isoleucyl-tRNA Synthetase. Journal of Biological Chemistry, 2009-04, roč. 284, čís. 15, s. 9656–9662. Dostupné online [cit. 2022-09-21]. DOI: 10.1074/jbc.M809013200. (po anglicky)
  2. ↑ Structural basis for lysidine formation by ATP pyrophosphatase accompanied by a lysine-specific loop and a tRNA-recognition domain. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., May 2005, s. 7487–7492. DOI: 10.1073/pnas.0501003102. PMID 15894617.
  3. ↑ The Catalytic Flexibility of tRNAIle-lysidine Synthetase Can Generate Alternative tRNA Substrates for Isoleucyl-tRNA Synthetase. J Biol Chem, Apr 10, 2009, s. 9656–9662. DOI: 10.1074/jbc.M809013200. PMID 19233850.
  4. ↑ NAKANISHI, Kotaro; BONNEFOND, Luc; KIMURA, Satoshi. Structural basis for translational fidelity ensured by transfer RNA lysidine synthetase. Nature, 2009-10, roč. 461, čís. 7267, s. 1144–1148. Dostupné online [cit. 2022-01-21]. ISSN 1476-4687. DOI: 10.1038/nature08474. (po anglicky)
  5. ↑ SONAWANE, Kailas D.; TEWARI, Ravindra. Conformational Preferences of Hypermodified Nucleoside Lysidine (k2C) Occurring at “Wobble” Position in Anticodon Loop of tRNA Ile. Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 2008-09-19, roč. 27, čís. 10-11, s. 1158–1174. Dostupné online [cit. 2022-01-21]. ISSN 1525-7770. DOI: 10.1080/15257770802341475. (po anglicky)

Zdroj

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Lysidine (nucleoside) na anglickej Wikipédii.