Mesto založil v roku 1524španielsky dobyvateľ Francisco Hernández de Córdoba. Jedná sa o jedno z najstarších európskych sídiel na americkom kontinente. León získal významné postavenie v stredoamerickom regióne. Jeho rozvoj sa zastavil v roku 1610, kedy silná erupcia blízkej sopkyMomotombo mesto zničila. Španieli po zničení mesta založili nové mesto - súčasný León.
León Viejo poskytuje predstavu o tom, ako vyzerali španielske koloniálne mestá na začiatku koloniálnej nadvlády Európanov v Amerike. Urbanistická kompozícia jednotlivých stavieb ukazuje na špecifickú sociálnu a ekonomickú štruktúru španielskej spoločnosti 16. storočia.