Klub bol založený v marci 1916 pod názvom drużyna Legjonowa. Zakladateľmi boli takmer výlučne príslušníci poľských légii v Rusku počas prvej svetovej vojny. Do roku 1936 hral klub najvyššiu poľskú futbalovú súťaž, potom zostúpil do druhej kde zotrval až do obdobia po druhej svetovej vojne. V roku 1949 klub zmenil názov na Centralny Wojskowy Klub Sportowy Warszawa. Legia sa do názvu dostala až v roku 1957 odkedy klub vystupoval pod názvom Centralny Wojskowy Klub Sportowy "Legia" Warszawa.
Počas svojej existencie klub 10-krát zvíťazil v poľskej najvyššej súťaži (1955, 1956, 1969, 1970, 1994, 1995, 2002, 2006, 2013, 2014), 17-krát získal poľský pohár (1954/55, 1955/56, 1963/64, 1965/66, 1972/73, 1979/80, 1980/81, 1988/89, 1989/90, 1993/94, 1994/95, 1996/97, 2007/08, 2010/11, 2011/12, 2012/13, 2014/15 ) a 4-krát vyhral poľský superpohár (1989, 1994, 1997, 2008).