Súostrovie tvorí reťazec ostrovov približne severovýchodno-juhozápadného smeru, na severovýchodnom pobreží Eurázie. Na západe ich oddeľuje Ochotské, Japonské a Východočínske more.
Japonské ostrovy sú priestorom dlhodobých subdukčno-akrečných procesov trvajúcich od vrchného ordoviku až spodného devónu dodnes[2]. Predneogénne podložie tvorí niekoľko teranov: Juhokitakamský, Akiyošský, Minoský a Šimantský. Na severozápade vystupuje aj triasový hida-abakumský príkrov. Tieto staršie komplikovane deformované komplexy sú prekrytý podstatne slabšie deformovanými druhohorno-treťohornými suchozemskými a plytkomorskými sedimentmi. Celú oblasť navyše prenikajú treťohorné vulkanity, ktoré sa nachádzajú hlavne na západnej strane súostrovia.