Jakub V. mal len jeden a pol roka, keď sa po smrti svojho otca (zomrel 9. septembra1513 v bitke pri Flodden Field) stal škótskym kráľom. Ako regentka za neho vládla jeho matka.. Tá sa o rok neskôr, 6. augusta1514, tajne vydala za Archibalda Douglasa, 6. grófa z Angusu. Regentom krajiny sa stal James Stuart, vojvoda z Albany, skutočnými vládcami zeme sa stali Albany, Angus a Margaréta. Angus držal Jakuba tri roky vo väzení, aby na ňom demonštroval svoju moc, a Jakub sa oslobodil až v roku 1528, kedy prevzal vládu v krajine.
Vláda
Keď sa Jakub ujal vlády, snažil sa posilniť panovnícku moc, k čomu malo prispieť i spojenie s Francúzskom, ktoré bolo katolícky orientované. Tým sa postavil proti protestantskému AnglickuHenricha VIII. Jedným z krokov, ktoré mu mali zaistiť spojenectvo s Francúzskom, bol sobáš s francúzskou princeznou Magdalénou Valois, s ktorou sa oženil 1. januára1537. Magdaléna bola dcéra Františka I., mala sotva 16 rokov a krehké zdravie, preto sa ju otec zdráhal pustiť do drsného Škótska. Magdaléna prišla na škótsky kráľovský dvor až o päť mesiacov neskôr, no už v júli zomrela. Jakub ostal bez dediča, a tak sa opäť vydal do Francúzska pre novú nevestu, ktorou sa tentoraz stala 15. júna1538 vdova Mária de Guise.
Následník trónu
S Máriou sa stretol na svojej svadbe s Magdalénou Valois, kde bola pozvaná ako hosť. Vtedy ešte bola vydatá za Ľudovíta, vojvodu z Longueville, ktorému porodila dvoch synov. Po svadbe s Jakubom sa 10. júna 1538 vybrala na cestu do Škótska, pričom musela opustiť svojho syna Františka. 22. februára1540 bola v Edinburghu korunovaná za škótsku kráľovnú a len o tri mesiace neskôr, 22. mája 1540, porodila v Saint-Andrews manželovi prvého syna Jakuba a takmer o rok neskôr, 24. apríla1541, sa narodil i druhý Jakubov syn Robert, vojvoda z Albany. Malý Robert však k veľkému zármutku svojich rodičov o dva dni neskôr zomrel, a zanedlho zomrel v Holyroode i následník trónu Jakub.
Smrť
Po smrti svojich synov upadol Jakub do depresií, a jeho psychickému stavu nepomohlo ani to, že sa v krajine znovu začala vynárať otázka, čo sa stane s trónom, ak Jakub zomrie bezdetný. Nárok na trón si robili ako početní príbuzní Stuartovci, tak i sám anglický kráľ Henrich VIII., ktorý si nárok uplatňoval cez svoju sestru Margarétu, Jakubovu matku. Henrich VIII. tiež vyvíjal stále väčší tlak na Jakuba, aby sa vzdal katolíckeho náboženstva a prijal protestantskú vieru, no jeho manželka, ktorá bola vychovávaná v prísnej katolíckej výchove, také niečo rázne odmietala. Henrich sa preto neváhal spojiť s Jakubovými nepriateľmi (Archibaldom Douglasom, 6. grófom z Angusu a jeho rodinou), čo viedlo k použitiu vojenskej sily. Jakub porazil Henrichove a Angusove vojsko pri Kelso, no napokon bol 25. novembra1542 Angličanmi porazený v bitke pri Solway Moss.
Porážka a otázky okolo dedičstva trónu ho zlomili, a tak ešte naposledy navštívil svoju manželku, ktorá bola vo vysokom štádiu tehotenstva, na hrade Linlithgow, a sám sa uchýlil na hrad Falkland. Tu sa dozvedel i o narodení svojej dcéry Márie, no ani to mu nedodalo chuť do života, a tak o niekoľko dní neskôr zomrel. Pochovaný bol v Holyroodskom opátstve vedľa svojej prvej manželky, Magdalény Valois, a svojich dvoch synov Jakuba a Roberta.