Palác sám má z hľadiska novodobých českých dejín dosť pochmúrnu históriu, v období Protektorátu Čechy a Morava v rokoch 1939 až 1945 tu bolo umiestnené sídlo úradujúceho Protektora pre Čechy a Moravu, dňa 10. marca1948 tu za dodnes nie úplne jasných okolností skončil svoj život niekdajší minister zahraničných vecí Česko-slovenskej republiky Jan Masaryk, ktorý tu mal veľa rokov tiež svoj byt. Bol ráno nájdený na terajšom Nádvorí Jana Masaryka, asi spadol z okna alebo ho niekto z okna zhodil. Na začiatku deväťdesiatych rokov 20. storočia práve tu došlo k podpisu zmluvy o rozpustení Varšavskej zmluvy.