Za vrijeme Estonske SSR, estonska dijaspora i diplomacija, kao i Estonska vlada u egzilu, i dalje su koristile estonsku trobojnicu kao jedinu međunarodno priznatu zastavu Estonije; istovremeno, korištenje te zastave bilo je zabranjeno i kažnjivo na području Sovjetskog Saveza.[3]
Stupanjem na snagu Zakona o državnim simbolima Estonije 8. svibnja1990. godine, godinu dana prije potpune obnove estonskog suvereniteta 1991. godine, korištenje zastave i grba Estonske SSR službeno je stavljeno van snage.[4]