Napetost između većinskog stanovništva, bantuskih crnaca okupljenih u Afroširaskoj stranci (ASP), i vladajućih arapskih feudalaca, rezultirala je pred prvim parlamentarnim izborima1961. teškim incidentima i sukobima. Gotovo jednak broj glasova dobile su proarapske stranke (46 %) i ASP (54 %), koja je predstavljala crnačku većinu. Arapska manjina tako je zadržala moć koju je nasljedila od Zanzibarskog prethodnog stanja kao prekomorski teritorij Omana.
Novim Ustavom, Zanzibar je 1963. dobio potpunu unutrašnju autonomiju, a 10. prosinca iste godine sultan Sayid Jamshid ibn Abdullah proglasio je neovisnost otoka u okviru Commonwealtha. 12. siječnja 1964. ASP i ljevičarske stranke UMMA, predvođeni zapovjednikom Johnom Okellom, izveli su državni udar revolucijom u kojoj je svrgnuta arapska dinastija dok su domorci došli na vlast.
Zanzibar je tada brojao oko 230.000 Afrikanaca, 50.000 Arapa i 20.000 osoba južne Azije koji su radili u trgovinskoj industriji.[1] Osvetnički pohodi protiv Arapa i civila južne Azije koji su se zatekli na tom otoku, rezultiralo je pokoljem tisuća ljudi. Arapi su premlaćivani, ubijani a njihova je imovina napadnuta, tako da su mnogi pobjegli u Oman.[2] Europljanima, po naredbi Okella, nije nauđeno. Točan broj poginulih je upitan, no procjene sežu od 8.000[3] do 17.000.[4] Neki te masakre smatraju jednim od najsmrtonosnijihgenocida u modernoj ljudskoj povijesti. Ubijanje arapskih zatvorenika i njihov pokop u masovnoj grobnici je snimila talijanska filmska ekipa iz helikoptera za "Africa Addio" - ta sekvenca u filmu predstavlja jedini poznati vizulani dokument ubijanja.[5]
Nakon nemilih događaja, situacija se na otoku smirila. Kasnije su se Zanzibar i Tanganjika ujedinili u jednu državu, Tanzaniju.