Nakon kapitulacije Kraljevine Jugoslavije 1941. godine, Marčetić je zarobljen od strane italijanskih snaga, ali je ubrzo oslobođen i vraćen u Bosnu, gdje je preuzeo ulogu u organizaciji četničkog pokreta.[2] Njegovo iskustvo kao oficira omogućilo mu je da se brzo istakne kao vođa među lokalnim četnicima i postane jedan od vođa u ustanku protiv NDH.
Na početku ustanka, četnici pod njegovim komandom formalno su sarađivali sa partizanima u borbi protiv ustaša i Nijemaca. Međutim, prateći opštu četničku liniju u Bosni, Marčetić i njegovi saborci sve više su se okretali saradnji sa okupatorom.[2] Nakon nekoliko meseci ustanka, zajedno sa ostalim vođama bosanskih četnika, u proleće 1942. godine je potpisao pakt sa NDH i stupio pod komandu Vermahta.[3]
Sporazum između Vukašina Marčetića, komandanta četničkog odreda »Manjača«, sa predstavnicima NDH potpisan je u Banja Luci 15. maja 1942.[4][5] Po njegovom objašnjenju četničkim saborcima, do sporazuma sa Nemcima i ustašama o zajedničkoj borbi protiv partizana je došlo iz potrebe "da se zaštiti narod" a takođe i da bi se dobila municija protiv partizana.[6]
Prva obaveza u novom savezništvu bilo je učešće u nemačkog ofanzivi na Kozaru, koja je ubrzo nakon toga usledila. Neposredno prije početka operacije, održana je konferencija četničkih odreda s područja Vrbasa na kojoj je raspravljano o saradnji četnika s vlastima NDH, kao i o učešću četnika u predstojećoj operaciji.[3] Vukašin Marčetić je tada zaključio da predstojeću ofanzivu ne treba shvatiti "kao borbu protiv ustaša", već treba raditi da se zavedeni partizani privuku u njihove redove:
Borbu sa Kozarom i Grmečom, gde su sada grupisani komunisti, ne treba shvatiti kao borbu protiv ustaša. Njih treba da radimo da one ljude koji su zavedeni privučemo u svoje redove.[3]
– Vukašin Marčetić
Glavnokomandujući Borbene grupe »Zapadna Bosna« Friedrich Stahl, koji je pohvalio lojalnost Marčetića.
Nakon jednomesečnih borbi protiv srpskih ustanika na Kozari, dobio je zvaničnu pohvalu od Fridriha Štala, glavnokomandujućeg nemačke operacije. U zaključnom izvještaju Borbene grupe »Zapadna Bosna«, upućenom generalu Paulu Baderu 5. jula 1942. godine, pohvaljeno je lojalno držanje vojvode Vukašina Marčetića, komandanta četničkog puka »Manjača«:
Predmet: Situacija kod Borbene grupe »Zapadna Bosna«.
2.) Neprijatelj van rejona Kozara — Prosara
U ovom času, zbog sadašnjeg držanja četnika, ne postoji mogućnost ugrožavanja iz rejona istočno od Vrbasa. Trenutno se ne očekuje ni ugrožavanje južno od Banjaluke i zapadno od Sane zahvaljujući lojalnom držanju četnika Marčetića i dobrom držanju hrvatskog garnizona Sanski Most.[7]
– Vanredni izveštaj Borbene grupe Zapadna Bosna komandujućem generalu i komandantu u Srbiji za period od 5. juna do 4. jula 1942.
Pošto su se pokazali pouzdanim u prvoj zajedničkoj operaciji, učešće četnika u nemačkim operacijama protiv ustanka u NDH je nakon toga nastavljeno.[8] Jedan od dokumenata iz avgusta 1942. pokazuje da je Marčetić dobio naređenje da stupi u kontakt s njemačkom komandom u Banjoj Luci kako bi organizovao zajedničku akciju protiv partizana koji su napredovali prema Manjači.[2]
Napredovanje u službi
Od saradnje sa Nemcima i NDH, četnički komandanti su imali znatnu materijalnu korist. Tako su Marčetić i drugi na svojim teritorijama, na zahtev Nemaca i vlasti NDH, vršili otkup zobi i druge stočne hrane, a Marčetić je vlastima NDH obezbedio i radnu snagu za postavljanje telefonsko-telegrafske linije Banjaluka — Sitnica — Ključ.[9] Početkom 1943. godine, zapadnu Bosnu je posetio izaslanik štaba Draže Mihailovića major Slavoljub Vranješević. On je o Marčetiću dao sledeću ocenu:
Komandant ovoga puka je aktivni poručnik Vukašin Marčetić, star 33 godine, labav, popustljiv, detinjast i neozbiljan, veoma ambiciozan, veoma plašljiv, sa jedinicom ne učestvuje u borbi, kao komandir sokolovačke čete, zbog nerada sa svojim ljudstvom, sva ova četa je sem jednog četnika, otišla u partizane, ženskaroš, sklon piću, veoma arogantan prema svakome, a naročito prema Hrvatima i Nemcima. Voli da sam sebe hvali, a naročito trpi samo one koji ga hvale. I on, kao i Drenović, želi da bude neka veličina i da se pomoću Nemaca i Hrvata dočepa nekog zavidnog položaja. Sa potčinjenima vodi stalnu borbu oko položaja, usled čega je došlo do cepanja ovoga puka u tri odreda. Blagodareći komandantima bataljona naredniku vodniku Jovanu Mišiću i redovu Milutinu Azariću, u odnosu na neprijatelja—partizane, istupaju zajednički kao jedna jedinica pod komandom narednika vodnika Jovana Mišića, u borbi. Ovaj puk do sada u borbi protiv partizana, pokazao je sjajne uspehe.[1]
Marčetić je 3. juna 1943. izabran za načelnika Štaba Bosanskokrajiškog četničkog korpusa.[1] Pored te dužnosti bio je i predsednik prekog vojnog suda u istom korpusu.[1]
