Rodio se u Garčinu u učiteljskoj obitelji. Budući hrvatski historiograf odgajan je u njemačkome duhu i jeziku, budući da mu je majka bila Njemica. Školovao se u Varaždinu i Zagrebu, a književnost i glazba u sjemeništu više su ga zanimali od povijesti, a izvedene su mu i neke skladbe. U Beču je studirao povijest i zemljopis, a poslije završenoga studija, više od pedeset godina službovao je kao profesor, u početku gimnazijski, a od godine 1893. počinje predavati opću povijest na Zagrebačkome sveučilištu, i uz manje prijekide ostaje na katedri do 1922. kada je umirovljen. Godine 1896. postao je pravim članom JAZU/HAZU, a bio je i počasni doktor praškoga sveučilišta i vanjski član Češke akademije znanosti. Surađivao je u pravaškom tjedniku Hrvatska lipa, u bio je dugogodišnji urednik Vienca (1882.-1889.), te istodobno i osnivač orkestra i dirigent, promičući hrvatsku glazbu. Godine 1892. pokrenuo je i uređivao glazbeni časopis Gusle. Pisao je i uspjele pripovijetke i političke članke u hrvatskom duhu.
Monumentalno historiografsko djelo Povijest Hrvata, objavljeno kod Kuglija u pet knjiga (od 1899. do 1911.), nije, na žalost, uspio završiti. Ocjenjujući njegov ovaj rad, drugi veliki hrvatski povjesničar, Ferdo Šišić (1914.) ističe: "Izradbom, naučnom metodom i opširnošću Klaićevo djelo nadilazi sva dosadašnja djela te vrste u našoj historiografiji", dok Jaroslav Šidak kaže da "uza sve nedostatke, Klaićevo djelo ostaje u prikazu XV. i XVI. stoljeća po obilju svojih podataka, do danas nepremašeno".
