Balboa je rođen u porodici sitnog plemića, i on je kao i drugi mladići njegova staleža odlučio potražiti sreću u Novom Svijetu.
Zato se 1500. ukrcao na brod Rodriga de Bastidasa, koji je zaplovio istražiti obale današnje Kolumbije.[2]
Nakon što se iskrcao u Hispanioli, kupio je plantažu, koja je ubrzo zapala u dugove. Balboa se bježeći od vjerovnika - 1510., ukrcao kao slijepi putnik na brod Martína Fernándeza de Encisca, koji je krenuo dovesti hranu, opremu i pojačanje koloniji koju je osnovao Alonso de Ojeda na istočnoj obali Zaljeva Urabá (današnja Kolumbija).[2]
Istovremeno je Balboa organizirao niz ekspedicija u potrazi za zlatom i robovima po indijanskim plemenima u tom kraju.
Pritom se koristio svakakvim metodama, od mučenja indijanca, da iz njih izvuče informacije koje treba, do taktikeZavadi pa vladaj, sklapajući privremena savezništva sa pojedinim plemenima, kojima je pomagao u sukobima sa neprijateljima. Indijance je fascinirao i strašio svojim psima koji su klali i trgali žrtve.[2]
Od indijanaca je saznao da se na jugu nalazi more i pokrajina beskrajno bogata zlatom, kao i to da mu za tu kampanju treba najmanje 1,000 ljudi. Balboa je o tom obavjestio kralja i zatražio pojačanje, ali nije znao i da su njegovi neprijatelji obavjestili Fernanda o njegovim grijesima (od svireposti prema
indijancima do krađa).[2]
U međuvremenu ni Balboa, nije čekao pojačanje već je 1. septembra1513. otplovio do najužeg dijela prevlake. U pratnji 190 Španjolaca i stotinjak indijanskih nosača, marš]]irao je na jug prevlake preko gustih džungla, [[rijeka i močvara i uspeo se na Kordiljere; 25. (ili 27. septembra) 1513.,
i ugledao Pacifik. Preko prevlake se vratio u Santa Maríju u januaru1514.[2]
Taj pothvat umilio je kralja koji ga je proglasio guvernerom novootkrivenih kolonija Mar del Sur i Paname, ali podložnim novom guverneru Pedru Dávili, negove stare kolonije - Santa María, koja je u junu1514. dobila novo ime Castilla del Oro (Zlatna obala).[2]
Pored tog Balba je postao adelantado, što je značilo da ima zakonsko pravo uzeti sve na što nađe u Pacifik. Kvaka je bila u tome što je sam morao financirati troškove ekspedicija i dati kralju oko 20% blaga koji je nakupio.[3]
Odnos između Balboe i novog guvernera Dávile od samog starta je bio loš, obojica su slali pisma u Španjolsku optužujući jedan drugog, za nesposobnost.
Dávila je bio brži i ne čekajući odluku, uhapsio Balbou, i izveo pred sud koji ga je osudio na smrt. Glava mu je odrubljena u u januaru1519.[2]