Republika Estonija se nalazi na krajnjem istoku Evropske unije, pa se i saobraćaj zemlje oslanja na veze ovog udruženja i zemalja istočno od nje, najviše Rusije. Sve ovo pogoduje razvoju prometnog saobraćaja u zemlji, posebno pomorskog zahvaljujući veoma dugoj obali Estonije na Baltiku.
Estonija ima razvijen drumski, železnički, vazdušni i vodni saobraćaj. Glavno saobraćajno čvorište u državi je glavni grad, Talin.
Glavno železničko preduzeće u Litvaniji su "Estonske železnice" u vlasništvu države.
Ukupna dužina železničke mreže u Estoniji je 1.018 km, od čega je 130 km elekrifikovano (1995. g.). Veći deo pruga u Estoniji su, shodno svim zemljama bivšeg SSSRa, šire od standarsne širine - 1524 mm. Ovo važi posebno za najvažnije pruge u Estoniji, koje sve počinju u Talinu, a idu ka:
U novije vreme pominju se planovi o izgradnji podvodne železničke veze ispod Finskog zaliva, a između Estonije i Finske slično tunelu ispod La Manša, s tim što bio ovaj tunel bio duži (80 km). Ovako veliko ulaganje će verovatno odložiti izgradnju tunela u dalju budućnost.
Ukupna dužina puteva u Estoniji je 49.480 km, od toga sa čvrstom podlogom 10.935 km (1998. godine). Pravi autoputevi ne postoje, ali savremeni putevi sa 4 kolovozne trake postoje na prilazima Talinu u dužini od 75 km. Međutim, izgradnja savremenih saobraćajnica je intenzivna, naročito prema zemljama Evropske unije. Najvažniji put u zemlji je Baltički put, zapravo Evropski koridorE67.
Estonija je primorska zemlja i izlazi velikom dužinom obale na Baltičko more. U državi postoje nekoliko značajnih pomorskih luka. u njih se može ubrojiti i glavni grad Talin. Druge važne luke su Pjarnu, Paldiski i Hapsalu. Trgovačka mornarica Litvanije je značajna spram veličine države. U državi postoje i velika pomorska preduzeća poput Talinka.
Unutarkopneni plovni putevi u Estoniji se oslanjaju na prevoz jezerima i rekama. Njego značaj je mali jer su reke omanje i plitke, zimi često zaleđene, a najveća jezera (Pskovsko i Čudsko jezero) granična na granici sa Rusijom.
U Estonija je sedište nekoliko aviokompanija, od kojih je najpoznatije Estonijan Er. U državi postoji 5 zvanično upisanih aerodroma sa tvrdom podlogom, svi sa IATA kodom (IATA Airport Code). 3 aerodroma su na ostrvima i imaju značaj u državnim granicama i kao glavna veza ovih ostrva sa kopnenim delom Estonije. Međunarodni značaj imaju 2 aerodroma: