Posle Aprilskog rata i kapitulacije Jugoslovenske kraljevske vojske, uspeo je da se spase iz zarobljeništva i vratio se u rodni kraj. Kad su počele pripreme za oružanu borbu, priključio se komunistima, i od prvog dana ustanka, jula 1941. godine, svrstao se u partizanske redove.
Posle niza uspešno izvedenih akcija, u kojima je pokazao i smisao za organizaciju i komandovanje, Jovanović veoma brzo napreduje, i oktobra postaje zamenik komandanta Užičkog partizanskog odreda. Njegovom zaslugom je otkrivena četnička zavera protiv NOP-a u Srbiji, organizovana odbrana, a zatim i protivnapad, 2. novembra1941. godine, kada su četnici doživeli prvi ozbiljniji vojnički, a i politički poraz u Srbiji.
Bio je komandant prve partizanske vojne parade, održane 7. novembra1941. godine u Užicu, u čast 24-vorogodišnjice Oktobarske revolucije. Jovanoviću je komandovanje Paradom povereno, kao nagrada za uspešno otkrivanje, opkoljavanje i razbijanje četničke grupacije, koja je napala prestonicu Užičke republike. Naime, on je kao potporučnik, uspeo da napravi neuporedivo svrsishodniji i celishodniji plan odbrane, nego što su četnički generalštabni majori, potpukovnici i pukovnici uspeli da sačine plan napada na Užice.
U toku Prve neprijateljske ofanzive na oslobođenu teritoriju Srbije, novembra 1941. godine, Radivoje Jovanović organizuje odbranu, prelazi s jednog na drugi deo fronta, prikuplja jedinice i sam učestvuje u nizu teških odbrambenih borbi. U bici na Kadinjači, 29. novembra1941. godine, Bradonja se posebno istakao svojom ličnom hrabrošću i umešnošću. Njegov izbor položaja za jedini partizanski top, pokazao se ispravnim. Nemci ga nisu uspeli pogoditi skoro sve vreme trajanja bitke.
Odstupanjem partizanskih snaga iz zapadne Srbije, krajem novembra 1941, Jovanović se po zadatku Partije vratio s Tare na područje Valjevskog partizanskog odreda, u svojstvu načelnika Glavnog štaba NOP odreda Srbije, da okupi i organizuje partizanske jedinice i nastavi borbu protiv okupatora, nedićevaca i četnika Draže Mihailovića. U veoma teškim uslovima, u periodu terora i okrutnih represalija okupatora i nedićevaca, partizanski odredi u zapadnoj Srbiji su vodili borbe i trpeli velike gubitke. U takvoj situaciji, Jovanović je vešto manevrisao, izbegavao udare i prelazio u protivnapade. Međutim, zbog neslaganja sa komandantom Glavnog štaba NOP odreda Srbije, Mirkom Tomićem, i nejasnih instrukcija od strane Glavnog štaba NOPOJ, koje nisu bile u skladu sa stanjem na terenu, dolazi do totalnog osipanja, razbijanja i uništenja ovih jedinica od strane kvislinških snaga. Februara 1942. godine, određen je za komandanta Grupe odreda u zapadnoj Srbiji i uspeva da se spase iz okruženja. Nakon smene Mirka Tomića sa mesta komandanta, u avgustu iste godine Vrhovni štab postavlja ga za komandanta Glavnog štaba NOP odreda Srbije i člana Vrhovnog štaba NOV i POJ.
Posle završetka rata, Radivoje Jovanović je izvesno vreme bio komandant grada Beograda, a zatim je, početkom 1946. godine, otišao na školovanje u Sovjetski Savez, gde je bio slušalac Artiljerijske akademije „Đeržinski“ u Moskvi.
↑Predlog upućen Josipu Brozu Titu u pisanoj formi 13. januara1950. Original se nalazi u arhivu Vojno-istorijskog instituta, nesređen i pogrešno zaveden pod 1951. godinu, dok se drugi primerak nalazi u svojini autora ovog teksta.