Prefekt pretorija (latinski Praefectus praetorio) je u doba Rimskog Carstva bio načelnik civilne administracije u Italiji.
U vrijeme rimskog cara Augusta (27. prije nove ere – 14. nove ere) prefekt pretorija bio je komandant vojne garde koja je čuvala carevu ličnost i pazila na red u Rimu i Italiji. Redovno je bio iz aristokratskog staleža. Pod Trajanom (98-117) prefekt pretorija postao je druga osoba u Carstvu, odmah iza cara. Za Septimija Severa (193-211) postavljena su dva prefekta pretorija, a jedan od njih je bio određen za građanske poslove. U doba Aleksandra Severa (222-235) prefekt pretorija postaje senatorom i predsjedavao je u senatu kao predstavnik cara. Prefekt pretorija je bio izvor velike moći. Vojska mu je bila odana, pa je povremeno znala za novog cara imenovati upravo svoga komandanta - prefekta pretorija.
Reforma Konstantina Velikog (306-337) konačno je donijela razdvajanje vojne od civile vlasti u liku prefekta pretorija. Konstantin je Carstvo podijelio na četiri prefekture, a na njihovom čelu su bili prefekti pretorija. Prefekti pretorija postali su samo civilne dužnosti dok je vojskom komandovao magister millitum.
