Osnovao ga je 1098. benediktinski redovnik Robert od Molesmea, koji je postao njegov prvi opat. Jedan od ranih redovnika je bio i znameniti Bernard od Clairvauxa, koji je 1115. osnovao Opatija Clairvaux. S vremenom je Citeaux stekao ugled i postao mjesto sahrane vojvoda Burgundije. Tokom stogodišnjeg rata je nekoliko puta pljačkan i razaran, kao i za vrijeme hugenotskih ratova. 1791. je ukinut za vrijeme francuske revolucije. Obnovljen je 1898.