Karijeru je 2004. godine započeo u Slovan Bratislavi, međutim već je tokom iste godine prešao u talijansku Bresciju. Nakon tri godine, 2007. ga je kupio novi talijanski prvoligaš, Napoli, gdje će u međuvremenu postati neizostavni član prve momčadi. Njegova energija, sposobnosti vođe, kreativnost, vještine i oko za gol sa sredine terena dovele su do toga da je bio jedan od ključnih faktora u Napolijevom osvajanju dva talijanska kupa i jednog superkupa. Također, s Napolijem je uspio izboriti Ligu prvaka i polufinale Europa lige2015. godine. Na reprezentativnom nivou, Hamšík je predstavljao Slovačku na Svjetskom prvenstvu 2010. godine, pomogavši reprezentaciji da se prvi puta kvalificira za to natjecanje i izbori osminu finala te pobjedu protiv branitelja naslova, Italije; nastupio je i na Euru 2016. u Francuskoj.
Za svoje nastupe, Hamšík je odlikovan nekolicinom individualnih priznanja: pet puta je proglašen nogometašem godine u Slovačkoj, a 2008. je proglašen najboljim mladim igračem Serie A. Godine 2011. bio je dio momčadi sezone Serie A, a 2015. je uvršten i u momčad sezone Europa lige.