Kroz historiju su svi tomokršćani imali isto vodstvo i liturgiju, odnosno bili povezani sa Crkvom Istoka sa sjedištem u Perziji. Od 16. vijeka su portugalskijezuiti toj zajednici pokušali nasilno nametnuti latinski obred i puno zajedništvo sa Katoličkom crkvom. Nezadovoljstvo takvim nastojanjima je potaklo najveći dio zajednice da se pridruži arhiđakonu Tomi koji je 1653. položio zakletvu da se nikada neće pokoriti Portugalcima. Dio koji se pridružio Tomi je postao Malankarska crkva.
Arhiđakon Toma je crkvu preveo pod jurisdikciju Sirijske orijentalno-pravoslavne crkve. Međutim, sporovi između patrijarha u Antiohiji i lokalnog svećenstva su eksalirali te se godine 1912. se ta crkva podijelila na dva dijela - Malankarsku pravoslavnu sirijsku crkvu i Jakobitsku sirijsku kršćansku crkvu.
