Neotyphodium coenophialum u listovima visoke vlasulje

Bradyrhizobium japonicum u čvorićima korijena soje
Mikrografija pod transmisijskim elektronskim mikroskopom: crne i bijele tačke pokazuju okrugle bakterijske ćelije.

Endofite su mikro-organizmi koji žive u tkivima biljaka kao endosimbionti, bez izazivanja simptoma bolesti. Neke od njih su mutualistički simbionti sa povoljnim efektima na domaćina, kao što su poboljšan rast ili otpor protiv bolesti ili okolišni stres, a koriste se kao mikrobni inokulanti. Međutim, patogen i saprofitni mogu biti endofiti u nekom dijelu svog životnog ciklusa. Endofiti se razlikuju od mikoriznih gljiva ili rizosfere mikroba koji žive u potpunosti unutar biljakaa. Većina poznatih endofita su bakterije ili gljive, iako postoje i neke endofitske alge i Oomycetes.

Ova lista sadrži rodova sa endofitskim vrstama (ali koje mogu imati i ne-endofitske vrste). Vrste su navedeni samo u značajnim slučajevima. Gdje su samo specifične varijante ili kultivari jedne vrste endofiti, to je detaljno opisano na stranici datog taksona. Raspon domaćina je "širok" kada se ne uključuje samo određene biljne loze; u tom slučaju, data je loza.

Također pogledajte: Rhizobia za leguminoze koje fiksiraju azot (Fabaceae).'

• Spisak simbiotskih organizama
• Spisak simbiotskih međuodnosa
• Patologija biljaka