Isa-begova džamija u Skoplju je džamija izgrađena kao zadužbina Gazi Isa-bega Isakovića 1475. godine u Staroj skopskoj čaršiji u Skoplju, danas glavnom gradu Republike Makedonije, a tada jednom od gradova koji su pripadali Osmanskom carstvu.

Ispred ove džamije se nalazi platan koji je posađen polovinom 15. veka i pod zaštitom je države kao spomenik prirode. Smatra se da je star koliko i džamija. Pored platana, ispred ulaza u džamiju se nalazi šadrvan. Džamija ima dve kupole, a sa južne i severne strane su dozidane još dve prostorije, nezavisne od centralog prostora. U neposrednoj blizini džamije se nekada nalazila medresa sa bogatom bibliotekom i imaret (javna kuhinja) ali danas ne postoje ostaci ovih objekata. Nekada je u Isa-begovoj džamiji bilo sedište Nakšibendijskog derviškog reda.