Aristobul je bio mlađi sin kralja i vrhovnog svećenika Aleksandra Janeja i kraljice Salome Aleksandre. Nakon očeve smrti 76. pne. je Judejom kao kraljica vladala Saloma, a dužnost vrhovnog svećenika obavljao Aristobulov brat Hirkan II, koji je, kao i majka, podržavao stranku farizeja. Kada je 67. pne. Saloma umrla, Hirkan je preuzeo vlast.
Aristobul je, pak, kao i otac, podržavao stranku saduceja, te je protiv brata digao ustanak. U kratkom građanskom ratu je Hirkanova vojska prešla Aristobulu, a Hirkan se obećao povući s mjesta kralja i vrhovnog svećenika. No, ubrzo nakon toga Hirkan je ponovno pokušao preuzeti vlast, ovaj put uz pomoć nabatejskog kralja Arete III čiji su vojnici opsjeli Jeruzalem.
U rat se umiješao Rim, koji je preko Marka Emilija Skaura posredovao u sporu, odlučivši na kraju u Aristobulovu korist. Međutim, kada je godine 63. pne. u Judeju osobno došao Pompej, presudio je u korist Hirkana ponovno ga postavivši na vlast.
Aristobul je kasnije živio u Rimu, odakle je za vrijeme građanskog rata godine 49. pne. natrag u Judeju poslao Julije Cezar. Na putu, gdje ga je pratio sin Aleksandar od Judeje, je otrovan. Njegov sin Antigon je od 40. pne. do 37. pne. vodio ustanak protiv Rimljana.
