Alternativno splajsovanje

Alternativno splajsovanje proizvodi dva proteinske izoforme.

Alternativno splajsovanje (ili diferencijalno splajsovanje) je proces kojim se RNK eksoni proizvedeni transkripcijom gena (primarni genski transkript ili pre-iRNK) ponovno spajaju na više načina tokom RNK splajsovanja. Rezultujući različiti iRNK molekuli mogu biti translirani u različite proteinske izoforme; tim putem jedan gen može da kodira više proteina[1].

Alternativno splajsovanje se javlja kao normalna pojava kod eukariota, gde to znatno povećava raznovrsnost proteina koji mogu biti kodirani genomom[1]. Kod ljudi preko 80% gena su alternativno splajsovani[2]. Brojni modovi alternativnog splajsovanja su uočeni, od kojih najčešći je preskakanje eksona. U tom modu, pojedini ekson može biti uključen u iRNK pod nekim uslovima ili u pojedinim tkivima, i izostavljen iz iRNK u drugim[1].

Proizvodnja alternativno splajsovanih iRNK molekula je regulisana sistemom trans-delujućih proteina koji se vezuju za cis-delujuća mesta na samim pre-iRNK molekulima. Takvi proteini obuhvataju splajsne aktivatore koji podstiču upotrebu određenog splajsnog mesta, i splajsne represore koji umanjuju upotrebu pojedinih mesta. Mehanizmi alternativnog splajsovanja su visoko varijabilni, i novi primeri se konstantno nalaze, posebno upotrebom visokoprotočnih tehnika. Istraživači se nadaju da će vremenom regulatorni sistem splajsovanja biti potpuno ispitan, tako da će postati moguće da se predvide proizvodi alternativnog splajsovanja gena pod datim uslovima upotrebom „splajsnog koda“[2][3].

Abnormalne varijacije u splajsovanju su mogući uzrok mnogih bolesti. Veliki deo ljudskih naslednih bolesti je posledica neadekvatnih splajsnih varijanti[2]. Za abnormalne splajsne varijante se takođe smatra da doprinose razvoju raka[4][5][6][7].

Otkriće

Alternativno splajsovanje je prvi put zapaženo 1977.[8][9] Adenovirusi proizvode dva različita primarna transkripta, jedan rano u životnom ciklusu i jedan kasnije, nakon DNK replikacije. Utvrđeno je da je primarni RNK transkript proizveden adenovirusom tip 2 u kasnoj fazi splajsovan na različite načine, što dovodi do iRNK molekula koji kodiraju različite viralne proteine. Oba, 5’ i 3’, splajsna mesta su varirala, i dodatno, transkript je sadržao višestruka mesta poliadenilacije, što je davalo različite 3’ krajeve obrađenim iRNK molekulima[10][11][12]

Prvi primer alternativnog splajsovanja u transkriptima normalnih, endogenih gena je karakterisan 1981. godine[10]. Za gen koji kodira tireoidni hormon kalcitonin je nađeno da je alternativno splajsovan u ćelijama sisara. Pre-iRNK ovog gena sadrži 6 eksona; iRNK kalcitonina sadrži eksone 1-4, i završava se nakon poliadenilacionog mesta u eksonu 4. Drugi iRNK molekul je proizveden ovom pre-iRNK preskačući ekson 4, i sadrži eksone 1-3, 5, i 6. On kodira protein poznat kao CGRP (kalcitoninskom genu srodan peptid)[13][14]. Primeri alternativnog splajsovanja transkripata gena imunoglobina kod sisara su takođe primećeni tokom ranih 1980-tih[10][15].

Od tog vremena, za alternativno splajsovanje je utvrđeno da je sveprisutno kod eukariota[1]. „Rekorder“ u alternativnom splajsovanju je D. melanogaster gen pod imenom Dscam, koji potencijalno može da ima 38,016 splajsnih varijanti[16].

Modovi

Tradicionalna klasifikacija osnovnih tipova alternativnog RNK splajsovanja.

Postoji pet osnovnih načina alternativnog splajsovanja.[1][2][17]

  • Preskakanje eksona ili kaseta eksona: u ovom slučaju, ekson može biti izostavljen iz primarnog transkripta ili zadržan. Ovo je najčešći mod kod sisarske pre-iRNK[17].
  • Međusobno isključivi eksoni: Jedan od dva eksona se zadržava u iRNK nakon spajanja, ali ne oba.
  • Alternativno donorsko mesto: Alternativni 5' spoj (donorsko mesto) se koristi, čime se menja 3' granica nizvodnog eksona.
  • Alternativno akceptorsko mesto: Alternativni 3' spoj (akceptorsko mesto) se koristi, čime se menja 5' granica nizvodnog eksona.
  • Zadržavanje introna: Deo sekvenca može može biti izostavljen kao intron ili jednostavno zadržan. Ovaj mod se razlikuje od preskakanja eksona po tome što zadržana sekvenca nije oivičena intronima. Ako je zadržani intron kodirajući region, on mora da kodira aminokiseline između susednih eksona, jer stop kodon ili pomeranje okvira čitanja bi verovatno proizvelo protein bez funkcije. Ovo je najređi mod kod sisara[17].

Pored ovih primarnih modova alternativnog splajsovanja, postoje dva druga mehanizma kojima se različiti iRNK molekuli stvaraju iz istog gena: višestruki promoteri i višestruka mesta poliadenilacije. Upotreba više promotera je pre mehanizam transkripcione regulacije nego alternativnog splajsovanja. Počinjući transkripciju u različitim tačkama, transkripti sa različitim 5'-krajnjim eksonima mogu biti formirani. S druge strane, višestruka mesta poliadenilacije omogućavaju različite 3' krajnje tačke. Oba ova mehanizma su nađena u kombinaciji sa alternativnim splajsovanjem i proizvode dodatnu varijabilnost iRNK molekula izvedenih iz datog gena[1][2].

Šema tri splajsne strukture mišjeg gena hijaluronidaze. Smer transkripcije od 5' do 3' je prikazan sa leva na desno. Eksoni i introni nisu proporcionalno prikazani.

Ovi modovi opisuje osnovne splajsne mehanizme. Postoji mogućnost da su oni nisu adekvatni za opisivanje kompleksnih splajsnih događaja. Slika sa desne strane pokazuje tri splajsne forme mišjeg gena hijaluronidaze. Poređenje strukture na prvoj liniji (zeleno) sa strukturom na drugoj liniji (žuto) pokazuje zadržavanje introna, dok poređenje druge i treće linije (žuto vs. plavo) je primer preskakanja. Nomenklatura modela koja jedinstveno određuje sve moguće uzorke spajanja je nedavno bila predložena[17].

Literatura

  1. ↑ 1,0 1,1 1,2 1,3 1,4 1,5 Black, Douglas L. (2003). „Mechanisms of alternative pre-messenger RNA splicing”. Annual Reviews of Biochemistry 72 (1): 291–336. DOI:10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720. PMID 12626338. 
  2. ↑ 2,0 2,1 2,2 2,3 2,4 Matlin, AJ; Clark F, Smith, CWJ (May 2005). „Understanding alternative splicing: towards a cellular code”. Nature Reviews 6 (5): 386–398. DOI:10.1038/nrm1645. PMID 15956978. 
  3. ↑ David CJ, Manley JL (February 2008). „The search for alternative splicing regulators: new approaches offer a path to a splicing code”. Genes & Development 22 (3): 279–85. DOI:10.1101/gad.1643108. PMC 2731647. PMID 18245441. 
  4. ↑ Skotheim and Nees (2007). „Alternative splicing in cancer: noise, functional, or systematic?”. 
  5. ↑ He C, Zhou F, Zuo Z, Cheng H, Zhou R (2009). „A global view of cancer-specific transcript variants by subtractive transcriptome-wide analysis”. Plos One 4 (3): e4732. DOI:10.1371/journal.pone.0004732. PMC 2648985. PMID 19266097. 
  6. ↑ Fackenthal, Jd; Godley, La (Jul 2008). „Aberrant RNA splicing and its functional consequences in cancer cells” (Free full text). Disease models & mechanisms 1 (1): 37–42. DOI:10.1242/dmm.000331. ISSN 1754-8403. PMC 2561970. PMID 19048051. Arhivirano iz originala na datum 2021-03-13. Pristupljeno 2014-03-17. 
  7. ↑ Valletti A, Anselmo A, Mangiulli M, Boria I, Mignone F, Merla G, D'Angelo V, Tullo A, Sbisà E, D'Erchia AM, Pesole G (2010). „Identification of tumor-associated cassette exons in human cancer through EST-based computational prediction and experimental validation”. Molecular Cancer 9: 230. DOI:10.1186/1476-4598-9-230. PMC 2941758. PMID 20813049. 
  8. ↑ Chow LT, Gelinas RE, Broker TR, Roberts RJ (September 1977). „An amazing sequence arrangement at the 5' ends of adenovirus 2 messenger RNA”. Cell 12 (1): 1–8. DOI:10.1016/0092-8674(77)90180-5. PMID 902310. 
  9. ↑ Berget SM, Moore C, Sharp PA (August 1977). „Spliced segments at the 5' terminus of adenovirus 2 late mRNA”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 74 (8): 3171–5. DOI:10.1073/pnas.74.8.3171. PMC 431482. PMID 269380. 
  10. ↑ 10,0 10,1 10,2 Leff SE, Rosenfeld MG, Evans RM (1986). „Complex transcriptional units: diversity in gene expression by alternative RNA processing”. Annu. Rev. Biochem. 55: 1091–117. DOI:10.1146/annurev.bi.55.070186.005303. PMID 3017190. 
  11. ↑ Chow LT, Broker TR (October 1978). „The spliced structures of adenovirus 2 fiber message and the other late mRNAs”. Cell 15 (2): 497–510. DOI:10.1016/0092-8674(78)90019-3. PMID 719751. 
  12. ↑ Nevins JR, Darnell JE (December 1978). „Steps in the processing of Ad2 mRNA: poly(A)+ nuclear sequences are conserved and poly(A) addition precedes splicing”. Cell 15 (4): 1477–93. DOI:10.1016/0092-8674(78)90071-5. PMID 729004. 
  13. ↑ Rosenfeld MG, Amara SG, Roos BA, Ong ES, Evans RM (March 1981). „Altered expression of the calcitonin gene associated with RNA polymorphism”. Nature 290 (5801): 63–5. DOI:10.1038/290063a0. PMID 7207587. 
  14. ↑ Rosenfeld MG, Lin CR, Amara SG, et al (March 1982). „Calcitonin mRNA polymorphism: peptide switching associated with alternative RNA splicing events”. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 79 (6): 1717–21. DOI:10.1073/pnas.79.6.1717. PMC 346051. PMID 6952224. 
  15. ↑ Maki R, Roeder W, Traunecker A, et al (May 1981). „The role of DNA rearrangement and alternative RNA processing in the expression of immunoglobulin delta genes”. Cell 24 (2): 353–65. DOI:10.1016/0092-8674(81)90325-1. PMID 6786756. 
  16. ↑ Schmucker D, Clemens JC, Shu H, Worby CA, Xiao J, Muda M, Dixon JE, Zipursky SL (June 2000). „Drosophila Dscam is an axon guidance receptor exhibiting extraordinary molecular diversity”. Cell 101 (6): 671–84. DOI:10.1016/S0092-8674(00)80878-8. PMID 10892653. 
  17. ↑ 17,0 17,1 17,2 17,3 Michael Sammeth; Sylvain Foissac; Roderic Guigó (2008-08-08). „A general definition and nomenclature for alternative splicing events”. PLoS Comput Biol. 4 (8): e1000147. DOI:10.1371/journal.pcbi.1000147. PMC 2467475. PMID 18688268. 

Read other articles:

If U Seek Amy

If U Seek AmySingel oleh Britney Spearsdari album CircusDirilis10 Maret 2009 (2009-03-10)Direkam2008Genre Dance-pop electropop Durasi3:36Label Jive Zomba Pencipta Max Martin Shellback Savan Kotecha Alexander Kronlund Produser Max Martin Kronologi singel Britney Spears Circus (2008) If U Seek Amy (2009) Radar (2009) Video musikIf U Seek Amy di YouTube If U Seek Amy adalah lagu oleh penyanyi asal Amerika Serikat, Britney Spears, dari album studio keenamnya, Circus (2008). Lagu ini dirilis ...

 

Muntilan, Magelang

Artikel ini tidak memiliki referensi atau sumber tepercaya sehingga isinya tidak bisa dipastikan. Tolong bantu perbaiki artikel ini dengan menambahkan referensi yang layak. Tulisan tanpa sumber dapat dipertanyakan dan dihapus sewaktu-waktu.Cari sumber: Muntilan, Magelang – berita · surat kabar · buku · cendekiawan · JSTOR Untuk artikel tentang ibu kota Kabupaten Magelang, lihat Mungkid (Kota). MuntilanKecamatan Kantor Kecamatan MuntilanNegara Indo...

 

TELE+

TELE+ Stato  Italia Tipologia Piattaforma terrestre Trasmissione Pay TV Editore Telepiù S.p.A. Gruppo News Corporation Data di lancio 9 agosto 1990 Data di chiusura 31 luglio 2003 Sostituita da Sky Italia Sede principale Milano Nº abbonati 180.000 (13 gennaio 2003, [1]) Sito telepiu.it Dati tecnici Lingua Italiano Inglese Nº canali 2 Standard PAL-G Codifica Irdeto TELE+ è stata una piattaforma televisiva a pagamento per la televisione analogica terrestre fornita da Telepiù ...

Fearless (The Bravery song)

2005 single by the Bravery FearlessSingle by the Braveryfrom the album the Bravery B-side It's All I Can Do An Cat Dubh ReleasedMay 23, 2005 (2005-05-23)[1]Length3:06LabelPolydorSongwriter(s)Sam EndicottProducer(s)Sam EndicottThe Bravery singles chronology An Honest Mistake (2005) Fearless (2005) Unconditional (2005) Fearless is the second single from American indie rock the Bravery's eponymous debut album (2005). It was released in the United Kingdom on May 23, 2005, a...

 

Харьковский троллейбус

Харьковский троллейбус Описание Страна  Украина Расположение Харьков Дата открытия 1 мая 1939 года Оператор КП «Троллейбусное депо № 2»КП «Троллейбусное депо № 3» Стоимость проезда 0,00 грн. Сайт khar-troll.at.ua Маршрутная сеть Число маршрутов 30 Длина сети 259,9 км[1] П...

 

São Miguel dos Milagres

São Miguel dos MilagresMunisipalitasNegara BrasilNegara bagianAlagoasLuas • Total76,744 km2 (29,631 sq mi)Populasi (2010) • Total7.163 • Kepadatan0,093/km2 (0,24/sq mi) São Miguel dos Milagres merupakan sebuah munisipalitas yang terletak di negara bagian Brasil di Alagoas. lbs Munisipalitas di AlagoasIbu kota: MaceióArapiraca Arapiraca Campo Grande Coité do Nóia Craíbas Feira Grande Girau do Ponciano Lagoa da Canoa Limoeiro de...

Nichita Stănescu

Nichita, by Paul Necet Nichita Stănescu (lahir sebagai Nichita Hristea Stănescu) (31 Maret 1933, Ploieşti—13 Desember 1983, Bukares) adalah penyair dan pembuat esai Rumania. Ia merupakan salah satu penyair bahasa Rumania kontemporer yang paling diakui. Stănescu lahir dari pasangan Nicolae H. Stănescu dan Tatiana Cereaciuchin (orang Rusia). Ia menyelesaikan pendidikan SMA di Ploieşti, lalu belajar bahasa dan sastra Rumania di Bukares, dan lulus pada tahun 1957. Ia lalu membuat karya pe...

 

Kristin Davis

Kristin Davis Kristin Landen Davis (atau ditulis sebagai Kristin Lee Davis (lahir 23 Februari 1965) merupakan seorang aktris berkebangsaan Amerika Serikat yang meraih penghargaan Golden Globe dan Emmy Award. Namanya dikenal saat menjadi Charlotte Goldenblatt di Sex and the City. Dia dilahirkan di Boulder, Colorado. Dia berkarier di dunia film sejak tahun 1991. Filmografi Nine Months (1995) Traveling Companion (1998) Sour Grapes (1998) Blacktop (2000) The Adventures of Sharkboy and Lavagirl in...

 

1908 United States House of Representatives elections in California

1908 House elections in California United States House of Representatives elections in California, 1908 ← 1906 November 3, 1908 (1908-11-03) 1910 → All 8 California seats to the United States House of Representatives   Majority party Minority party   Party Republican Democratic Last election 8 0 Seats won 8 0 Seat change Popular vote 201,206 135,412 Percentage 53.7% 36.1% Election results by district. Elections in California F...

Charlie Robertson's perfect game

Charlie Robertson's perfect gameCharlie Robertson in 1922 with Chicago. Chicago White Sox Detroit Tigers 2 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 R H E Chicago White Sox 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 7 0 Detroit Tigers 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 DateApril 30, 1922 (1922-04-30)VenueNavin FieldCityDetroit, MichiganManagersKid Gleason (Chicago White Sox)Ty Cobb (Detroit Tigers)UmpiresHP: Dick Nallin1B: Billy Evans2B: (none)3B: (none) On April 30, 1922, in a game between the Chicago White Sox and Detroit Tigers, ...

 

2020年夏季奧林匹克運動會波蘭代表團

2020年夏季奥林匹克运动会波兰代表團波兰国旗IOC編碼POLNOC波蘭奧林匹克委員會網站olimpijski.pl（英文）（波兰文）2020年夏季奥林匹克运动会（東京）2021年7月23日至8月8日（受2019冠状病毒病疫情影响推迟，但仍保留原定名称）運動員206參賽項目24个大项旗手开幕式：帕维尔·科热尼奥夫斯基（游泳）和马娅·沃什乔夫斯卡（自行车）[1]闭幕式：卡罗利娜·纳亚（皮划艇）&#...

 

Montreuil-des-Landes

Montreuil-des-LandescomuneMontreuil-des-Landes – Veduta LocalizzazioneStato Francia Regione Bretagna Dipartimento Ille-et-Vilaine ArrondissementRennes CantoneVitré TerritorioCoordinate48°15′N 1°13′W / 48.25°N 1.216667°W48.25; -1.216667 (Montreuil-des-Landes)Coordinate: 48°15′N 1°13′W / 48.25°N 1.216667°W48.25; -1.216667 (Montreuil-des-Landes) Altitudine110 m s.l.m. Superficie9,43 km² Abitanti227[1] (2...

Saefullah

Saefullah Sekretaris Daerah Provinsi DKI JakartaMasa jabatan11 Juli 2014 – 16 September 2020PresidenSusilo Bambang YudhoyonoJoko WidodoGubernurJoko WidodoBasuki Tjahaja PurnamaDjarot Saiful HidayatAnies BaswedanPendahuluFadjar Panjaitan Wiriyatmoko (Plt.)PenggantiSri Haryati (Plh.) Marullah MataliPelaksana Harian Gubernur DKI JakartaMasa jabatan15 Oktober 2017 – 16 Oktober 2017PresidenJoko WidodoPendahuluDjarot Saiful HidayatPenggantiAnies BaswedanWali Kota Administrasi ...

 

NGC 4056

Galaxy in the constellation Coma Berenices NGC 4056SDSS image of NGC 4056.Observation data (J2000 epoch)ConstellationComa BerenicesRight ascension12h 03m 57.8s[1]Declination20° 18′ 45″[1]Redshift0.024637[1]Heliocentric radial velocity7386 km/s[1]Distance340 Mly (105 Mpc)[1]Group or clusterNGC 4065 GroupApparent magnitude (V)17.68[1]CharacteristicsTypeE0?[2]Size~65,000 ly (20 kpc) (estim...

 

نيو هيفن (إلينوي)

نيو هيفن     الإحداثيات 37°54′26″N 88°07′37″W / 37.9072°N 88.1269°W / 37.9072; -88.1269   [1] تقسيم إداري  البلد الولايات المتحدة[2]  التقسيم الأعلى مقاطعة غالاتين  خصائص جغرافية  المساحة 1.26 ميل مربع  عدد السكان  عدد السكان 399 (1 أبريل 2020)[3]  الكثافة ...

Protest song

Song associated with a movement for social change For the Prefab Sprout album, see Protest Songs (album). For the album by The Specials, see Protest Songs 1924–2012. A protest song is a song that is associated with a movement for protest and social change and hence part of the broader category of topical songs (or songs connected to current events). It may be folk, classical, or commercial in genre. Among social movements that have an associated body of songs are the abolition movement, pro...

 

Moby-Dick

Moby-Dick; atau, The Whale Sampul buku Moby Dick edisi pertama Amerika SerikatPengarangHerman MelvilleNegaraAmerika SerikatBahasaInggrisGenrePetualangan, Epik, Cerita lautPenerbitRichard Bentley (Britania Raya)Harper & Brothers (AS)Tanggal terbit18 Oktober 1851 (Britania)14 November 1851 (AS)Jenis mediaCetakHalaman927 (Edisi pertama Inggris, 3 volume)635 (Edisi pertama Amerika Serikat) Moby-Dick adalah judul novel karya penulis Amerika Serikat Herman Melville yang diambil dari j...

 

Dr. Seuss's Sleep Book

1962 children's book by Dr. SeussThis article needs additional citations for verification. Please help improve this article by adding citations to reliable sources. Unsourced material may be challenged and removed.Find sources: Dr. Seuss's Sleep Book – news · newspapers · books · scholar · JSTOR (October 2015) (Learn how and when to remove this message) Dr. Seuss's Sleep Book AuthorDr. SeussIllustratorDr. SeussLanguageEnglishPublisherRandom HousePublic...

Pemilihan umum Wali Kota Sibolga 2020

Pemilihan Umum Wali Kota Sibolga 2020201520259 Desember 2020[1]Kandidat Peta persebaran suara Peta Sumatera Utara yang menyoroti Kota Sibolga Wali Kota dan Wakil Wali Kota petahanaSyarfi Hutauruk danEdi Polo Sitanggang Partai Golongan Karya Wali Kota dan Wakil Wali Kota terpilih H. Jamaluddin Pohan dan Pantas Maruba Lumbantobing Golkar Pemilihan Umum Wali Kota Sibolga 2020 akan dilaksanakan pada 9 Desember 2020 untuk memilih Wali Kota Sibolga periode 2021-2025. Wali kota petahana, Sy...

 

Dimple Kapadia

Indian actress (born 1957) Dimple KapadiaKapadia in 2018Born (1957-06-08) 8 June 1957 (age 67)Bombay, IndiaOccupationActressYears active1973; 1984–presentWorksFull listSpouse Rajesh Khanna ​ ​(m. 1973; died 2012)​ChildrenTwinkle KhannaRinke KhannaRelativesSimple Kapadia (sister)Akshay Kumar (son-in-law) Dimple Kapadia (born 8 June 1957) is an Indian actress predominantly appearing in Hindi films. Born and raised in Mumbai by wealthy ...