2 октября1930 года арестован ОГПУ по Центрально-Чернозёмной области. 18 февраля 1931 года приговорён Коллегией ОГПУ по обвинению в том, что примыкал к группе Трудовой крестьянской партии в Воронежском сельскохозяйственном институте, возглавляемой А. Н. Мининым, пропагандировал идеи ТКП среди студенчества, противодействовал пролетаризации вузов, участвовал в нелегальных совещаниях; по статьям 58-10, 11 УК РСФСР приговорён к трём годам заключения в концлагере. Но в лагере не был, Военным трибуналом Воронежского военного округа постановление Коллегии ОГПУ от 18 февраля 1931 года отменено, дело прекращено. Реабилитирован по этому делу 28 мая 1957 г[2].
Выступил на второй день августовской сессии ВАСХНИЛ 1948 года, активно поддержав академика Лысенко. По его словам «Из доклада академика Лысенко, который заслушала сессия, я думаю, имеются все основания сделать <…> вывод: мы живем в великую Сталинскую эпоху, в период триумфа передовой сельскохозяйственной науки», «Открытия Т. Д. Лысенко описываются и поэтами, и писателями, и драматургами, и философами. <…> Действительные открытия Т. Д. Лысенко и его школы, по моему мнению, значительно превосходят эти описания»[3].
Сотрудничество с НКВД СССР
Якушкин был платным осведомителем НКВД СССР, в частности автором доносов на академика Н. И. Вавилова. Наряду с другими сторонниками и/или сотрудниками Т. Д. Лысенко, был членом экспертной комиссии специалистов, созданной по распоряжению НКВД и утверждённой Лысенко (в задачу комиссии входило составление характеристики на Вавилова как учёного; подробнее см. статью Вавилов, Николай Иванович)[4][5][6][7].
два ордена Трудового Красного Знамени (06.12.1940 — «в ознаменование 75-летнего юбилея Московской ордена Ленина Сельскохозяйственной Академии имени К. А. Тимирязева, за выдающиеся заслуги в деле развития сельскохозяйственных наук и подготовки высококвалифицированных специалистов сельского хозяйства»; 1945)
Иван Якушкин является автором работ, посвящённых вопросам растениеводства и севооборотов, агротехникезерновых, масличных, сахарной свёклы и других технических культур, в частности, удобрению в системе севооборотов, улучшению методов сортирования семенного материала, внекорневой подкормке, борьбе с опаданием завязей у хлопчатника, сахарной свёклы и др.
В труде «Растениеводство» (1947, 2-е изд. 1953) дал обобщение научных достижений и производственного опыта советской агрономии.
Опубликовал более 400 научных работ, включая более 90 книг и брошюр. Ряд трудов напечатан за рубежом.[1]
Учение о севообороте. — М. — Л., 1928
Руководство по применению удобрений под сахарную свёклу. — М.—Л., 1933
Растения полевой культуры. — 10 изд., М., 1938 (совместно с Д. Н. Прянишниковым)
Из многолетних работ по селекции свёклы на Рамонской станции // Доклады Всесоюзной академии с.-х. наук им. В. И. Ленина, 1947, вып. 11
Сортирование семян по принципу выделения однородных выровненных групп по размерам в целях повышения урожайности // Советская агрономия, 1949, № 8 (совместно с А. П. Осетровой)
Из результатов работ кафедры растениеводства в 1953—1954 гг. // Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии, 1955, вып. 1
Внекорневая подкормка сельскохозяйственных культур. — М., 1955 (совместно с М. М. Эдельштейн)
↑B. Сойфер (2002), «Власть и наука. Разгром коммунистами генетики в СССР», ЧеРо, Москва
↑Peter Pringle (2009). «The murder of Nikolai Vavilov. The story of Stalin’s persecution of one of the twentieth century’s greatest scientists», JR Books, London
↑Шайкин В. Г. (2006). «Николай Вавилов», c. 199, М.: Молодая гвардия — (ЖЗЛ)