Сценарий оперы — это фэнтези-история, написанная Юрием Мелисовым, главным гитаристом Эпидемии. В первоначальные планы Юрия входила постановка по мотивам книжной серии Dragonlance[2], но в итоге был написан самостоятельный сюжет. Однако в сюжете оперы осталось сходство с Dragonlance и даже сознательные отсылки к ней (такие, как имя дракона Скай и упоминание в тексте Стурма). Другой источник вдохновения, «Сага о вечном воителе» Майкла Муркока, упомянута в песне «Вечный воитель». Ниже приведен краткий сценарий, оригинал можно прочитать на официальном сайте группы.
Полуэльф Дезмонд рос в эльфийском королевстве Эния, скрытом от остального мира волшебным барьером, который создавала магическая сфера Эль-Гилэт, принадлежавшая королю Энии, не желавшему делиться благополучием эльфов с людьми, и изучал магию у придворного волшебника Ирдиса. Он влюбился в принцессу Алатиэль и был ложно обвинён в практике чёрной магии её тайным поклонником, за что его изгнал король, которого не устраивала увлечённость полуэльфа чистокровной эльфийкой. Дезмонд по настоянию Ирдиса продолжил обучение в школе волшебства в землях людей и участвовал в некоторых военных походах. Во время одного из походов он как боевой маг произвёл хорошее впечатление на воина Торвальда, с которым впоследствии завёл дружбу. Фактически Торвальд был единственным человеком, не сторонившимся чужака-полуэльфа.
В это время Эния была атакована силами тьмы под предводительством могущественного тёмного мага Деймоса. Родной мир Деймоса погиб из-за погасшего солнца, и маг вынужден был искать новые земли для своего народа. Используя сложные заклинания чёрной магии, Деймос телепортировал часть своей армии в Энию, завоевал страну и убил короля. Остановить Деймоса можно было бы, запросив подкрепление из земель людей, но эльфы сами отгородились от человеческой расы магическим барьером, и помощь не смогла бы подойти (да и вряд ли люди захотели бы помогать перекрывшим все внешние связи эльфам). В тронном зале Деймос нашёл сферу Эль-Гилэт, магическая мощь которой могла дать ему возможность открыть портал между Энией и своим миром. Деймос предложил Алатиэль стать его женой, чтобы он стал полноправным королём эльфийских земель. Он пригрозил, что иначе он принесёт её в жертву, так как для открытия врат в его мир с помощью сферы и для телепортации остальной части его армии необходимо было в особую ночь Совмещения обагрить магический амулет кровью эльфов. Но Алатиэль, не желавшая идти на уступки захватчику и убийце отца, отказалась («Кровь эльфов»).
Чародей Ирдис был ранен во время сражения с захватчиками, но, увидев, что уже ничем не поможет Энии, успел бежать через портал к Дезмонду и попросил его спасти Энию («Час испытания»). Дезмонд сперва отказался, но затем, вспомнив, что его возлюбленная в плену у Деймоса, согласился. Он надеялся, что победа над Деймосом поможет ему получить право вернуться домой и жениться на Алатиэли. Также он попросил Торвальда присоединиться к нему в этом походе. Торвальд согласился, и маг Ирдис поведал им о том, что чистый сердцем путешественник может найти в горах некую силу, способную победить любого злодея, в том числе Деймоса («Рождённый для битвы»). Воодушевлённые этой мыслью, друзья отправились в Энию, скрываясь в лесах от глаз возможных вражеских агентов («Пройди свой путь»).
Тем временем Деймос, поразмыслив, решил, что у Ирдиса наверняка есть какой-то план по свержению власти Тьмы в Энии. Эта мысль бросила тёмного мага в дрожь, и он захотел перестраховаться, расставив на всех подступах к Энии своих агентов.
В пути Дезмонд и Торвальд остановились в приграничной таверне у подножия гор, где трактирщик, бесплатно накормив и напоив их, показал, по предварительному указанию Ирдиса, секретный тоннель, ведущий в Энию под горами («На пороге Ада»). Это был единственный способ попасть в Энию извне — все надземные пути были защищены берьером, создаваемым сферой Эль-Гилэт. Давным-давно Ирдис, не вполне доверявший королю и не разделявший его политику самоизоляции, сделал этот проход на случай, если ему понадобится покинуть Энию без ведома короля, и сейчас тоннель очень пригодился.
Однако разговор не был конфиденциальным, как бы ни старался скрыть его содержание трактирщик. Один из агентов Деймоса как раз находился в этой таверне. Подслушав разговор главных героев, он незаметно скрылся, отправился к барьеру, где, как всегда, дежурили верные Деймосу маги, которые его пропустили через барьер как своего (главные герои, разумеется, так попасть в захваченную страну не могли).
Выбравшись на свет по ту сторону тоннеля, герои продолжили путь в горах, окружавших Энию со всех сторон. Во время пути Дезмонд почувствовал присутствие древней магии и вскоре нашёл Жезл первых правителей Энии, о котором и говорил Ирдис. Этот магический артефакт они использовали, чтобы победить дракона Ская, посланного Деймосом («Вечный воитель»). Раненый Скай улетает к своему повелителю, чтобы предупредить об опасности.
Спустившись в эльфийскую долину, герои с помощью выживших эльфийских рыцарей (которые в отсутствие Ирдиса вели партизанскую войну с захватчиками) ворвались в королевский дворец, где выяснилось, что сегодня — та самая ночь Совмещения, на которую так надеялся Деймос. Не успев подготовить достаточную для подавления мятежа охрану, Деймос приказал войскам обороняться, а сам пытался завершить ритуал. Если бы ему это удалось, он стал бы в несколько раз сильнее и смог бы победить восставших самостоятельно, но во время разгоревшегося сражения Торвальд, совершив отчаянный рывок через ряды противника и едва не поплатившись головой за отвагу, уничтожил Эль-Гилэт с помощью найденного в горах Жезла («Магия и меч»). Деймос, поняв, что битву за Энию он проиграл, бросился бежать. Дезмонд кинулся за ним в погоню, но тёмный маг успел сбежать через балкон и улететь на драконе через портал в свой мир. Стража Деймоса, лишившись лидера, сдалась на милость победителя.
После освобождения Энии Дезмонд женился на принцессе Алатиэль, однако, поскольку изгнанный полуэльф не мог быть коронован как король, Ирдис стал временным правителем до того, как подрастут дети новой королевской семьи.
В 2010 году вышел DVD «Эльфийская рукопись: Сага о двух мирах», содержащий видеозапись живого исполнения «Эльфийской рукописи» и «Эльфийской рукописи: Сказание на все времена».
Второе продолжение вышло в апреле 2014 году под названием «Сокровище Энии». Оно повествует о дальнейшей жизни в Энии и Ксентароне, протекающей после войны.
Третье продолжение вышло 8 февраля2018 под названием «Леге́нда Ксентаро́на». Первая часть сюжета логически является предысторией всего цикла опер. Вторая часть сюжета переносит слушателей к финалу метал-оперы «Сокровище Энии».
