Эль-Уэку был основан в 1 февраля1933 года. Бывший город Чоркин изначально был столицей департамента с населением более тысячи жителей. Первые муниципальные выборы состоялись в 1886 году [2]. Население постепенно переезжало в Эль-Уэку из-за того, что предыдущая столица находилась в частной собственности[3].