Элеонора рассматривалась к качестве вероятной супруги короля Португалии Фернанду I. Однако в 1372 году Фернанду I тайно женился на разведённой дворянке Леоноре Теллеш де Менезеш[1]. Отвергнув Элеонору, Фернанду I разрушил военный альянс с Кастилией и породил напряжённость в отношениях между двумя королевствами.
Семейная жизнь супругов протекала напряженно: Элеонора не испытывала привязанности ни к мужу, ни к наваррскому двору. В 1383 году она организовала встречу мужа со своим братом — вступившим на престол Кастилии после смерти Энрике IIХуаном I — и договорилась о том, что некоторое время проведет на родине. Формальным поводом было желание скорее оправиться от болезни в кастильском климате, который Элеонора считала более благоприятным для её здоровья. Она взяла с собой малолетних дочерей, которых родила мужу в течение первых тринадцати лет брака.
Элеонора и её дочери поселились в Вальядолиде. В 1387 годуКарл потребовал от жены вернуться в Наварру — его отец Карл II Злой умер, и супруги должны были короноваться. Это требование поддержал и Хуан I. Однако Элеонора отказалась, заявив, что в Наварре с ней грубо обращались, а наваррская знать якобы планировала её отравить. В результате Элеонора осталась в Кастилии, в то время как Карл III был коронован в феврале 1387 года в Памплоне.
К концу 1390-х годов Элеонора родила мужу шесть дочерей, но так и не подарила наследника, и поэтому она отправила в Памплону свою старшую дочь Хуану как наследницу королевства.
9 октября1390 года брат Элеоноры Хуан I умер от раны, полученной при падении с лошади, и ему наследовал его несовершеннолетний сын Энрике. Карл вновь просил жену вернуться в Наварру, однако Элеонора снова отказалась. Элеонора присоединилась к противникам своего племянника и вошла в Лигу Лилло вместе со своим незаконнорождённым сводным братом Фадриком и двоюродным братом Педро[3]. Однако в 1394 годуЭнрике III разбил Лигу, осадил Элеонору в её замке в Роа и заставил её вернуться к мужу в феврале 1395 году[4].
Королева Наварры
Элеонора вернулась к Карлу и оказалась вовлечена в политические интриги наваррского двора. Её отношения с мужем улучшились, и она родила ему долгожданного сына Карла, однако он умер в младенчестве, как и следующий сын Людовик. 3 июня1403 года она была коронована как королева Наварры в Памплоне. Несколько раз, когда Карл III отправлялся во Францию, Элеонора брала на себя полномочия регента. Она также помогла сохранить хорошие отношения между Наваррой и Кастилией. В результате представители крупного кастильского дворянства, включая герцога Бенавенте и членов влиятельных семей Давалос, Мендоса и Суньига, поселились в Наварре.
В отсутствие королевской четы обязанности регента исполняла их старшая дочь и наследница Жанна. К несчастью она умерла в 1413 году, не оставив потомства, поэтому статус наследницы перешел ко второй принцессе — Бланке, которая в итоге и стала королевой Наварры после смерти Карла III.