По окончании обучения с 1881 года Эдер работал с фототехником Джузеппе Пиццигелли. В 1882 году начал преподавать в должности профессора химии и физики в Staatsgewerbeschule[нем.], затем некоторое время читал лекции в альма-матер[9].
В 1885 году Йозеф Мария Эдер женился на дочери министерского секретаря фрау Анне (урожденной Валенте; 1859–1941).
На протяжении следующих трёх десятилетий, начиная с 1888 года, он работал в Венском Королевском институте графических искусств, созданным под патронажем столичного университета, по инициативе и при деятельном участии самого Эдера; большую часть этого времени он совмещал исследовательскую и преподавательскую деятельность и должностью директора этого учебного заведения.
Главные работы Й. Эдера посвящены исследованию фотографических процессов с солями хрома и бромо- и хлорожелатиновыми эмульсиями, а также исследованию химических действий лучей разного цвета; одна из них была премирована Венским фотографическим обществом. Эти работы имели очень важные практические результаты и легли в основу ортохроматическихфотоэмульсий и приготовления аристотипной бумаги для печатания при дневном свете[6]. Также стоит отметить исследования Эдера по спектральному анализу с помощью фотографии, а также разработанный им метод химической фотометрии ультрафиолетовых лучей[6][10].
С 1887 года Эдер издавал в Галле ежегодник «Jahrbuch für Photographie und Reproduktionstechnik» (букв. «Ежегодник технологий фотографии и репродукции») по вопросам фотографии и репродукционной техники[6].