6 декабря 2008 года дебютировал в Бундеслиге в гостевом матче 16-го тура против «Энерги» (3:0). Шибер вышел на замену на 80-й минуте вместо Чиприана Марики. 21 января 2009 года продлил контракт со «Штутгартом» до лета 2011 года, с опцией продления ещё на один год.
20 июля 2012 года Шибер перешёл в дортмундскую «Боруссию», подписав контракт на 4 года[1][2].
3 июля 2014 года Шибер подписал контракт с «Гертой» до 2018 года[3]. Вскоре после подписания контракта он получил серьезную травму левого колена и выбыл из футбола до 2016 года. В феврале 2017 года Шибер снова получил травму колена и пропустил несколько месяцев. 22 мая 2018 года Юлиан Шибер стал игроком «Аугсбурга» — клуб заключил с ним контракт на три года[4].
