В 1552 году Никита Васильевич Шереметев участвовал в новом походе царя Ивана Грозного на Казанское ханство. Н. Шереметев был выборным головой над сотней детей боярских в царском полку. 26 августа по царскому указу Никита Шереметев вместе с другими выборными головами был отправлен на помощь второму воеводе большого полка, князю Михаилу Ивановичу Воротынскому, против которого казанцы предприняли вылазку. Затем Никита Шереметев участвовал в разгроме казанского князя Епанчи, который со своим отрядом укрылся в крепости на горе на Арском поле.
В 1555 году Никита Васильевич Шереметев принял участие в войне со Швецией. Н. В. Шереметев был назначен товарищем (заместителем) к воеводе передового полка и своему брату Семену Шереметеву. В битве под Выборгом в январе 1556 года Никита Шереметев был ранен. В том же 1556 году он был пожалован в окольничие и находился при дворе царя Ивана Васильевича, когда он в июне того же года выступил в поход «по крымским вестям» в Серпухов. Оттуда Никита Васильевич Шереметев был послан из Серпухова на реку Шиворону, но вскоре был отозван оттуда, так как стало известно, что крымский хан передумал совершать набег на южнорусские земли.
В 1564 годубоярин Никита Васильевич Шереметев был казнен по приказу царя Ивана Грозного. Князь Андрей Михайлович Курбский сообщал, что царь велел «удавить» его в тот самый день, когда посетил в темнице его старшего брата, Ивана Васильевича Большого Шереметева, попавшего в опалу в 1562 году. Шведский писатель Петр Петрей, живший в России в начале XVII века, написал, что царь Иван Васильевич велел в своем присутствии изрубить Никиту Шереметева в куски, а его ноги и руки приказал завернуть в тонкое сукно и послать в подарок его жене.
Имя Никиты Васильевича Шереметева было записано в двух синодниках «по опальных людях», присланных царем Иваном Грозным, в Никитский Переяславский монастырь и Нижегородский Печерский монастырь.
Никита Шереметев был погребен в Кирилло-Белозерской обители, «у большой церкви за алтарем», и на помин его души был дан вклад в размере двухсот рублей.
Семья
Никита Васильевич Шереметев был женат на Евдокии, происхождение которой не известно. Дети: