Листья в числе 6—9, шириной около 1,5 мм, длиной 8—10 см при цветении и до 20 см в период плодоношения.
Околоцветник в зеве желтоватый, доли суженные, беловатые, три наружных окрашены в грязно-пурпурный или бледно-жёлто-коричневый цвет, реже чисто белые. Рыльца оранжевые, цельные. Цветёт в конце марта. Плодоношение в июле.
Набор хромосом 2n = 20.
Классификация
Вид Шафран алатавский входит в род Шафран (Crocus) подсемейства Шафрановые (Crocoideae) семейства Ирисовые (Iridaceae) порядка Спаржецветные (Asparagales).