С 1803 года жил в Берлине, работал преподавателем первой и старейшей гимназии в Берлине гимназии Серого монастыря. Поддерживал дружеские отношения с философом Иоганном Готлибом Фихте, языковедом Отто Гейнзиусом и естествоиспытателем Йоганном Петером Мюллером.
Под влиянием идей Валентина Гаюи занимался офтальмологией. Король Фридрих Вильгельм III в августе 1806 года издал указ о создании учреждения для слепых в Берлине и поручил Цойне сделать это. 13 октября 1806 г. Цойне начать преподавать там. Это была первая школа для слепых в Германии[3].
В 1810 году стал профессором географии в Берлинском университете. С 1811 по 1821 год также читал лекции о немецком языке и литературе там же. Его справочник по воспитанию слепых «Велизарий» («Belisar», 1808) и труд «Гея. Попытка научной географии» («Gea. Versuch einer wissenschaftlichen Erdkunde», 1808).