Футбольный клуб «Хоффенхайм 1899» основан 1 июля 1899 года как спортивное общество, объединявшее несколько видов спорта: гимнастика, волейбол, борьба и другие. Футбол также был представлен в данном обществе, но долгое время не был на ведущих ролях. Футбольная команда на протяжении целого столетия выступала в низших любительских лигах.
До 1989 года играл в Бециркслиге (Bezirksliga, седьмой дивизион в тогдашнем немецком футболе). В сезоне 1988/89 занял последнее место в седьмом дивизионе и вылетел в Kreisklasse A.
После вылета в низшую лигу, миллиардер Дитмар Хопп, сам в юности игравший за «Хоффенхайм», начал спонсировать клуб. Поначалу он выделил 10 000 немецких марок на новые мячи и тренировочное оборудование. В сезоне 1989/90 клуб выиграл турнир Крайсклассе и вернулся в Бециркслигу, в которой на следующий сезон также занял первое место. В 1990—1996 годах «Хоффенхайм» играл в Ландеслиге (Landesliga, 6-й дивизион), в 1996 году клубу удалось выиграть и эту лигу, перейдя в Фербандслигу. В 2000 году «Хоффенхайм» выиграл Фербандслигу, перешёл в Оберлигу, где в первом же сезоне занял первое место.
За два сезона, с 1999 по 2001 год, клуб поднялся из районной лиги в региональную лигу (аналог второго дивизиона). Таким образом, в сезоне 2001/02 клуб добрался до третьего дивизиона — Регионаллиги, впереди которой в Германии находятся только обе Бундеслиги. В сезоне 2001/02 клуб занял 13-е место в Регионаллиге, в сезонах 2002/03 и 2003/04 — пятое, в 2004/05 — седьмое, в 2005/06 — четвёртое.
В сезоне 2002/03 «Хоффенхайм» впервые успешно квалифицировался в Кубок Германии. Победив «Гройтер Фюрт» в 1/32 финала (4:1), они были остановлены Кёльном в 1/16 (1:5).
2003/04 был сезоном, в котором о деревенском клубе под меценатством миллиардера узнала вся Германия: в Кубке Германии «Хоффенхайм» обыграл «Айнтрахт» Трир (4:3), «Карлсруэ» (4:0), леверкузенский «Байер» (3:2 — первый официальный матч хоффенхаймцев против представителя Бундеслиги) и добрался до четвертьфинала, в котором уступил «Любеку» (0:1).
В сезоне 2006/07, совершив мощный рывок во втором круге чемпионата, «Хоффенхайм» занял второе место в Регионаллиге и перешёл во Вторую Бундеслигу. Выход в лигу выше привёл к тому, что клубу понадобился новый стадион (старый «Стадион имени Дитмара Хоппа» был рассчитан на 6000 зрителей). Первую половину сезона 2008/09 клуб провёл на стадионе в Маннгейме. Со второй половины сезона 2008/09 «Хоффенхайм» играл на новом стадионе «Райн-Неккар-Арена» в Зинсхайме, рассчитанном на 30 000 зрителей.
Сезон 2007/08 прошёл для «Хоффенхайма» очень удачно: второе место во Второй Бундеслиге и переход в высший дивизион немецкого футбола; четвертьфинал в Кубке Германии. В этом сезоне был установлен рекорд Второй Бундеслиги по сумме за трансфер футболиста: Карлос Эдуардо был куплен за 8 миллионов евро. Всего сумма, вложенная Хоппом в клуб с 1989 года, оценивается в 150—200 миллионов евро.
В Бундеслиге 2008/09 команда с 7-го по 21-й тур занимала первые два места в турнирной таблице, сенсационно стала «Осенним чемпионом», набрав 35 очков, нападающий босниец Ведад Ибишевич возглавлял список бомбардиров чемпионата. Но после зимних каникул у команды начался спад из-за травм игроков, в первую очередь выбывшего до конца чемпионата Ибишевича. В итоге в свой дебютный сезон «Хоффенхайм» занял 7-е место с 55 очками.
В чемпионате 2012/13 команда заняла 16-е место, и только в стыковых матчах против «Кайзерслаутерна» сумела сохранить прописку в Бундеслиге на следующий сезон[2]. В 2013/14 годах клуб занял место в середине таблицы (9-е), немного улучшив результат в сезоне 2014/15 — 8-е.
В сезоне 2016/17 команда заняла 4-е место с 62 очками (16 побед, 14 ничьих, 4 поражения), не проиграв ни одного матча на домашнем стадионе. Этот успех впервые обеспечил клубу выход в раунд плей-офф Лиги чемпионов УЕФА 2017/18, в котором он уступил «Ливерпулю», отправившись в группу C Лиги Европы, где занял последнее место. В следующем чемпионате страны «Хоффенхайм» выступил хуже (55 очков, 9 поражений), но занял своё высшее место, 3-е, и напрямую квалифицировался в групповой этап Лиги чемпионов 2018/19. По результатам жеребьёвки попал в группу «F» с английским «Манчестер Сити», французским «Лионом» и украинским «Шахтёром». Трижды сыграв вничью и потерпев 3 поражения, «Хоффенхайм» занял там последнее место. После этого сезона главным тренером стал Алфред Схрёдер, работавший ассистентом Юлиана Нагельсмана, который покинул клуб[3]. Под его руководством команда заняла 6-е место в Бундеслиге, попав в Лигу Европы, где уже при Себастьяне Хёнессе дошла до 1/16 финала.
Вторую часть сезона 2008/09 «Хоффенхайм» играл на новом стадионе «Райн-Неккар-Арена». Владельцу клуба постройка арены обошлась в 60 миллионов евро.[источник не указан 918 дней]
Вмещает стадион 30 150 зрителей, из них 9150 — стоячие места. На международные матчи стоячие места могут быть переоборудованы в сидячие, из-за чего вместимость стадиона уменьшается до 25 641 места.[источник не указан 918 дней]
.svg){kind=small}
