Согласно книге «Родословие Вологодской деревни»[1], впервые деревня упоминается в письменных источниках в 1623 г. как деревня Холм Илезской волости Тотемского уезда. Населена была чёрносошными крестьянами.
Согласно ревизской сказке за 1782 г. население деревни Холм Кептурской волости (записанной вначале как Хомъ) составляло 55[5] человек. В предыдущей ревизии, за 1762 г., население деревни составляло 35 человек[5].
Под названием Холмы присутствует на карте Вологодского наместничества[6] в Малом атласе Российской Империи за 1792 г. Так же и на карте 1800 г.[7] Под таким же названием встречается в более поздних документах, например, в карточке на прибывшего в лазарет рядового 4 финляндского стрелкового дивизиона Ивана Николаевича Вахрушова, заполненной 9 ноября 1916 года[8].
В 1834 г., согласно ревизии того же года, всё ещё состояла в Кептурской волости Тотемского уезда. Тогда же её уроженец Ипполит Семёнович Кузнецов (1783—1839), записанный в тексте ревизии как Семена [Федорова Кузнецова] сынъ Ипполитъ и в подписи как Политъ Кузнецевъ, был Кептурским волостным старостой[9]. Население деревни на тот момент составило 92 человека. В 1816 г., в год предыдущей ревизии, в деревне проживало как минимум 66 человек[9].
В 1850 г. в деревне проживало 123 человека, согласно данным девятой ревизии[10]. Согласно же данным ревизской сказки за 1858 г., в деревне проживало уже 136 человек[11].
Упоминается по состоянию на 1859 г. в списке населённых пунктов Вологодской губернии под номером 9824[12]. Приводимые там сведения:
9824. Холмъ, деревня казённая, расположена при безымянномъ ручьѣ, въ 76 верстахъ отъ уѣзднаго города; содержитъ 20 дворовъ, населеніе составляютъ 69 мужчинъ и 70 женщинъ.
— Списокъ Населённыхъ мѣстъ по свѣдѣніямъ 1859 года. Т. VII. Вологодская Губернія. — СПб., 1866.
До революции, по состоянию на 1881 г., административно входила в Харинскую волость Тотемского уезда[13], в которой числится как минимум с 1850 г.[10]. Входила в состав прихода Кептурской Николаевской церкви[14] и Тимановского сельского общества Харинской волости[15]:192.
В 1885 г. в деревне проживал 171 чел. в 26 дворах. В деревне значатся две частные лавки[16]:258.
По данным на 1903 г. в Холме проживало 311 человек — 150 мужчин и 161 женщина. В деревне было 52 хозяйства. Четверо выходцев из деревни проходили солдатскую службу в войсках. Грамотных было 36 человек (33 мужчины и 3 женщины), 15 полуграмотных мужчин и 7 мужчин, обучающихся грамоте. Всего в деревне на тот момент было 81 одноэтажное жилое здание и 151 нежилая постройка. В хозяйственной деятельности было задействовано в деревне и округе 1154,7 десятин земли, 69 лошадей, 104 коровы, 15 свиней, 83 овцы[15].
В 1906 г, согласно «Списку лиц … , имеющих право участвовать в Предварительном Съезде по выборам в Государственную Думу по Тотемскому уезду»[17], в деревне Холм был маслобойный завод (владелец — Пётр Иванович Кузнецов)[17]:16.
В годы Первой мировой, согласно открытым данным[18], 10 выходцев из деревни принимали участие в боевых действиях. Один отмечен погибшим, двое — пропавшими без вести.
Население по данным переписи 2002 года — 55 человек (28 мужчин, 27 женщин). Преобладающая национальность — русские (98 %)[19].
↑ 12Родословие Вологодской деревни (Список древнейших деревень — памятников истории и культуры) / Сост. П. А. Колесников, Т. М. Димони. — Вологда, 1990.
↑Кузнецовъ, Н. В. Традиціонная орѳографія въ контекстѣ сѣверныхъ нарѣчій русскаго языка // Труды по русскому правописанію. — Вып. 3. — Магаданъ: Новое Время, 2019. — С. 246. ISBN 978-5-604-21401-5.
↑ 123Матеріалы для оцѣнки земель Вологодской Губерніи. Томъ ІІІ. Тотемскій уѣздъ. Выпускъ І. Таблицы. Крестьянское хозяйство. — Вологда: Изданіе Вологодской Губернской Земской Управы, 1908. — С. 192—201.
↑ 12Волости и важнѣйшія селенія Европейской Россіи: По даннымъ обслѣдованія, произведеннаго стат. учрежденіями М-ва вн. дел. — Вып. 6. Губерніи Пріуральской группы и Крайняго Сѣвера / Сост. Г. Г. Ершовъ. — 1885.
↑ 12Списокъ лицъ, владѣющихъ въ Тотемскомъ уѣздѣ болѣе года землею и другимъ недвижимымъ имуществомъ, обложеннымъ сборомъ на земскія повинности, и имѣющихъ право, на основаніи Высочайшаго повелѣнія 11 декабря 1905 года, участвовать въ Предварительномъ Съѣздѣ по выборамъ въ Государственную Думу по Тотемскому уѣзду // Вологодскія губернскія вѣдомости, 1906, № 46.