Ещё студентом в 1951 году был принят на работу в Институт языка, литературы и историиКазанского филиалаАН СССР, где он прошёл путь от лаборанта до доктора наук, профессора и более 30 лет возглавлял отдел археологии и этнографии. Вторым родным домом стал для А. Х. Халикова университет, где он долгие годы читал лекции по общему курсу археологии и спецкурс «Этногенез народов Среднего Поволжья и Приуралья», руководил курсовыми и дипломными работами, студенческим археологическим кружком.
В 1955 году защитил кандидатскую диссертацию «История населения Казанского Поволжья в эпоху бронзы», а в 1966 году — докторскую диссертацию «Среднее Поволжье в эпоху камня и бронзы».
Благодаря его энергии в Казанском университете был воссоздан археологический музей[2].
Калинин Н. Ф., Халиков А. Х. Итоги археологических работ за 1945—1952 гг. — Казань: Таткнигоиздат, 1954 — (Труды Казанского филиала. Серия исторических наук).
Материалы к изучению истории населения Среднего Поволжья и Нижнего Прикамья в эпоху неолита и бронзы. — Йошкар-Ола: Марийское книжное издательство, 1960. — (Труды Марийской археологической экспедиции; т. 1).
Очерки истории населения Марийского края в эпоху железа // Железный век Марийского края. — Йошкар-Ола: Марийское книжное издательство, 1962. — С. 7—187. — (Труды [ФАН1] Марийской археологической экспедиции; т. 2).
Генинг В. Ф., Халиков А. Х. Ранние болгары на Волге: (Больше-Тарханский могильник). — М.: Наука, 1964.
Герасимова М. М., Лебединская Г. В., Халиков А. Х. Пепкинский курган: (Абашевский человек). — Йошкар-Ола: Марийское книжное издательство, 1966. — (Труды Марийской археологической экспедиции; т. 3).
Халиков А. Х.Древняя история Среднего Поволжья / АН СССР. Ин-т языка, литературы и истории им. Г. Ибрагимова. — М.: Наука, 1969. — 396 с. — 1850 экз.
Волго-Камье в начале эпохи раннего железа (VIII—VI вв. до н. э.). М.: Наука, 1977. 264 с.;
Происхождение татар Поволжья и Приуралья. Казань, 1978. 160 с.;
Приказанская культура М.: Наука, 1980. 128 с. (Археология СССР. Свод археологических источников. Вып. 1-24);
Патрушев В. С., Халиков А. Х. Волжские ананьинцы (Старший Ахмыловский могильник). М.: Наука, 1982. 277 с.;
Казань в памятниках истории и культуры / А. Х. Халиков [и др.]. — Казань : Татарское книжное издательство, 1982.
Татарский народ и его предки. Казань: Татарское книжное издательство, 1989. 220 с.;
Буртасы и их историко-археологическое определение // Вопросы этнической истории Волго-Донья в эпоху средневековья и проблема буртасов. Пенза, 1990. С. 88—97[7];
Основы этногенеза народов Среднего Поволжья и Приуралья. Ч. 1: Происхождение финноязычных народов: учебное пособие. — Казань : Издательство Казанского университета, 1991.
500 русских фамилий булгаро-татарского происхождения. — Казань: [б. и.], 1992.
Моця А. П., Халиков А. Х. Булгар — Киев: пути — связи — судьбы. — Киев : [б. и.], 1997.
Основы этногенеза народов Среднего Поволжья и Приуралья. — Казань : Фолиант; Институт истории им. Ш. Марджани АН РТ, 2011. — (Bibliotheca Tatarica).
Халиков А. Х., Халикова Е. А. Ранние венгры на Каме и Урале (Больше-Тиганский могильник). — Казань: Фəн, 2018. — (Археология евразийских степей; вып. 25).
Труды Камской археолого-этнографической экспедиции. Вып. 8. Археологические памятники Поволжья и Урала: современные исследования проблемы сохранения и музеефикации. — Пермь: ПГПУ, 2012.
Руденко К. А. История археологического изучения Волжской Булгарии (X — начало XIII в.). — Казань : Республиканский центр мониторинга качества образования, 2014.
Хузин Ф. Ш., Хамидуллин Б. Л. Альфред Халиков. Казань, 2015 (История татар в лицах)..
Кузьминых С. В. Марийская археологическая экспедиция: люди и судьбы // Поволжская археология. — 2017. — № 1 (19). — С. 327—338.
Никитин В. В. На стыке двух тысячелетий (Марийской археологической экспедиции 60 лет) // Поволжская археология. — 2017. — № 1. — С. 8-17.
Шалахов Е. Г. Дарственные надписи первого начальника Марийской археологической экспедиции А. Х. Халикова на книгах из личной библиотеки В. П. Ёжиковой // Исторические исследования : материалы V международной научной конференции (г. Самара, март 2017 г.). — Самара : АСГАРД, 2017. — С. 72-75.
Халиков Н. А. А. Х. Халиков — исследователь Марийского края // Музейный вестник: ежегодный сборник. Вып. № 12 / ГБУК «Национальный музей РМЭ им. Т. Евсеева»; науч. ред. Д. Ю. Ефремова. — Йошкар-Ола, 2018. — С. 139—144.