Его родителей звали Педру да Фонсека и Хелена Диас. Вступил в Общество Иисуса 17 марта 1548 года в возрасте 20 лет. В Риме между 1572 и 1585 годами Фонсека был советником папы Григория XIII.
Основные его сочинения относятся к области логики и метафизики. Фонсека являлся автором двух логических произведений: «Наставление по диалектике» («Institutionum dialecticarum, Libri Octo», 1575) и «Философское введение» («Isagoge philosophica», 1591), которые были весьма популярны как самые краткие и доступные вводные курсы по логике и, одновременно, как новые и оригинальные философские произведения.
Комментарии на книгу «Метафизики» Аристотеля Стагирита
Фонсека был переводчиком «Метафизики» Аристотеля на латынь и составителем к ней комментариев. Это главное произведение Фонсеки, составляющее четыре тома in quarto. Текст организован следующим образом. На протяжении всех четырех томов каждый разворот представляет собой билингву: слева на странице греческий текст, справа — латинский перевод. Текст Аристотеля дается по книгам и главам, по окончании каждой книги следует комментарий «посредством вопросов» (per modum quaestionis).[2]
Издания
Institutionum Dialecticarum. Lisbon: 1564.
Commentariorum in Libros Metaphysicorum Aristotelis. I (Rome, 1577), II (Roma, 1589); III (Évora, 1604); IV (Lion, 1612).
Isagoge Philosophica. Lisbon: 1591.
Definitiones, divisiones ac regulae ex logica et physica Aristotelis. Colomiae Agrippinae: 1622.