С 1899 по 1901 год работал ассистентом на кафедре ботаники Варшавского политехнического института, преподавал техническую микробиологию в Варшавском университете. В 1902 году вернулся в Москву, где стал читать курсы общей микробиологии и географии растений.
В 1902 году защитил диссертацию магистра в Юрьевском университете, за которую по ходатайству профессора Н. И. Кузнецова получил также степень доктора.
С 1905 года Александр Фёдорович работал консерватором гербария Санкт-Петербургского ботанического сада. В 1908—1910 годах руководил ботаническими экспедициями Переселенческого управления.
Флёров Александр Фёдорович (неопр.). Ботанический музей: История музея: Коллекторы. Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН. Дата обращения: 24 января 2017.