Флоти́лия^[1] (буквально «маленький флот»^[2]) — формирование, оперативное объединение или оперативно-тактическое соединение в военно-морском флоте (военно-морских силах) ряда государств^[3].

В некоторой литературе кроме официальных названий флотилий часто встречаются еще выражения: гребная флотилия^[4][5][6], шхерная флотилия^[4], флотилия миноносок^[7], флотилия парусных судов, флотилия барок и тому подобное^[2].

Флотилии подразделяются^[3]:

• по составу:
  • разнородные — включающие в себя формирования разных родов войск (сил): надводных кораблей, подводных лодок, морской авиации, береговых войск, а также формирования специальных войск, службы и учреждения тыла,
  • одного рода сил — в которые сведены несколько соединений одного рода сил, например: флотилия подводных лодок, флотилия эскадренных миноносцев, флотилия противолодочных кораблей и тому подобное;
• по району выполнения задач:
  • морские — оперативные объединения, предназначенные для выполнения оперативных задач как самостоятельно, так и во взаимодействии с другими формированиями ВМФ (ВМС) или иных видов вооружённых сил, на одном операционном направлении океанского или морского театра военных действий (включая закрытые моря),
  • озёрные или речные — предназначенные для содействия сухопутным войскам при ведении ими боевых действий в приозёрных районах или бассейнах рек соответственно, в том числе для решения задач по уничтожению кораблей противника, обеспечению своих воинских перевозок, либо срыву воинских перевозок противника, высадки десантов и тому подобное.

В России, имперского периода, в Русском флоте существовали формирования вида флотилия включающие в себя военные суда, приписанные к портам Каспийского моря и Восточного океана, и составляли они Каспийскую^[8] и Сибирскую флотилии. Ещё в Вооружённых силах России были Аральская флотилия^[9], учреждённая в 1847 году и в 1883 году переданная из Морского ведомства в Военное, и Таможенная крейсерская флотилия или Таможенная флотилия^[10] (на мирное время из Военного министерства передана в Ведомство пограничной стражи).

На период военных действий, в Освободительную войну, 1877 — 1878 годов, на Дунае была сформирована Дунайская флотилия^[11]. Ранее были сформированы:

• Донская флотилия^[12] → Азовская флотилия^[13];
• Брянская флотилия^[14];
• Днепровская флотилия^[15];
• Аму-Дарьинская флотилия^[16];
• Амурская флотилия^[17];
• Амурско-Уссурийская казачья флотилия^[18];
• и другие^[19].

Во время Гражданской войны в России морские, речные и озёрные флотилии получили широкое применение в армиях обоих главных противников — Красной Армии и в армиях Белого движения. Отличительными их особенностями было создание на период ведения боевых действия на конкретном театре военных действий, острый недостаток подготовленных командных и инженерных кадров, ведение боевых действий в интересах сухопутных войск, в речных и озёрных флотилиях — преобладание мобилизованных и вооружённых гражданских кораблей над военными кораблями специальной постройки.

В период Гражданской войны и интервенции в России в РККА («Красные») существовали следующие формирования вида флотилия:

В период Гражданской войны и интервенции в России в Белом движении («Белые») существовали следующие формирования вида флотилия:

Во время Второй мировой войны морские флотилии были как самостоятельные (например, Каспийская военная флотилия), так и входили в состав флота (например, Беломорская военная флотилия). Состояли из нескольких соединений и частей однотипных или различных надводных кораблей (бригада траления, дивизион эскадренных миноносцев и сторожевых кораблей, дивизион торпедных катеров, дивизион тральщиков), подводных лодок, авиации, частей морской пехоты и береговой артиллерии, а также различных служб, обеспечивающих её деятельность.

В состав речных и озёрных флотилий входили соединения речных кораблей различных классов, части авиации, артиллерии и морской пехоты, а также службы обеспечения и обслуживания.

Во время Великой Отечественной войны в составе ВМФ СССР действовали следующие флотилии:

В Военно-морском флоте нацистской Германии (Кригсмарине) в период нацистского господства и Второй мировой войны существовали флотилии кораблей, судов и катеров кригсмарине, в том числе эсминцев и миноносцев (в общей сложности имелось 8 флотилий) и флотилии подводных лодок (в общей сложности имелось 16 боевых и 15 учебных флотилий).

В разное время создавались военные флотилии в ВМФ СССР после 1945 года:

• Сахалинская флотилия разнородных сил (1945—1990);
• Камчатская флотилия разнородных сил (1945 — н. в.);
• Приморская флотилия разнородных сил (1979 — н. в.);
• Кольская флотилия разнородных сил (1982 — н. в.).

В 1960-х — 1980-х годах в СССР были созданы пять флотилий подводных лодок, просуществовавшие до начала 21-го века: 1-я, 3-я и 11-я флотилии ПЛ входили в состав Северного Флота, 2-я и 4-я — в состав Тихоокеанского флота.

Флотилия обычно управляется контр-адмиралом, коммодором или капитаном, в зависимости от важности миссии.

	В Викисловаре есть статья «флотилия»

• Флотилия // Энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона : в 86 т. (82 т. и 4 доп.). — СПб., 1890—1907.
• Флотилия // Малый энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона. — 2-е изд., вновь перераб. и значит. доп. — Т. 1—2. — СПб., 1907—1909.
• Военно-морской словарь : [ВМС] / МО СССР ; ВМФ ; редкол.: В. Н. Чернавин (гл. ред.) [и др.]. — М. : Воениздат, 1990. — 511 с., [20] л. ил. : карт. — ISBN 5-203-00174-X.
• Советская военная энциклопедия, Маршал Советского Союза Н. В. Огарков — председатель, Москва, Воениздат, 1981 год.
• Великая Отечественная война, 1941—1945 : энциклопедия / под ред. М. М. Козлова. — М. : Советская энциклопедия, 1985. — 832 с. — 500 000 экз.