В декабре 1945 года возвратился в Германию. В 1946—1947 годах занимал должность Председателя окружного комитета СЕПГ в Хагенове. В мае 1947 года он стал Председателем окружного комитета СЕПГ в Штральзунде, сменив на этом посту Эрнста Гута. В сентябре 1947 года — делегат II съезда СЕПГ, 6-7 декабря того же года — делегат 1-го Немецкого Народного конгресса в Берлине. В мае 1949 года был избран в состав 3-го Немецкого Народного Конгресса.
15 июня1950 года Вальдемар Фернер получил звание генерал-инспектора и был назначен руководителем Главного Управления морской полиции, которое подчинялось Министерству внутренних дел ГДР (нем.Hauptverwaltung Seepolizei im Ministerium des Innern). 1 июля1952 года Управление было реорганизовано в Морскую народную полицию (нем.Volkspolizei (VP)-See) со штаб-квартирой в Штральзунде. Фернер возглавлял её до 31 августа1955 года. 1 октября1952 года ему было присвоено звание вице-адмирала. В 1954 году он стал кандидатом в члены ЦК СЕПГ. В 1955—1956 годах проходил обучение в Военно-Морской академии в Ленинграде.