Желая получить практический опыт, Томпсон в 1954 году поступил на дипломатическую службу и стал вторым секретарём в американском посольстве в Индонезии, где освещал вопросы советско-индонезийских отношений и Коммунистической партии Индонезии[1].
С 1957 года Томпсон на разных должностях работал в Ратгерском и Колумбийском университетах, а с 1959 года преподавал на историческом факультете Университета Индианы. Является одним из основателей и первых создателей Института России и Восточной Европы (англ.Russian and East European Institute) Индианского университета в Блумингтоне. Уделял особое внимание методам преподавания и обучения, а также взаимодействию между средним и высшим образованиями. Руководил передовыми диссертационными исследованиями и выпустил более двух десятков докторантов Индианского университета по русской и советской истории[1][2].
В 1988 году Томпсон вышел на пенсию и переехал в Фиппсбург[англ.] (штат Мэн). В 2002 году в Брансуике он помог основать Колледж Мидкост Сениор (англ.Midcoast Senior College), и будучи первым председателем его Учебного комитета, преподавал различные инновационные курсы обучения для взрослых[1][3]. В 2009 году совет директоров колледжа в честь его основателей Нэнси Уилер и Джека Томпсона учредил премию «MSC Wheeler/Thompson Founders Award», которая на ежегодном банкете присуждается лицам, «существенным образом поддерживающим дух и работу» колледжа[4].
Будучи научным сотрудником по программе обмена с СССР, Томпсон в качестве участника проекта изучения учебников США-СССР посещал Советский Союз и затем Россию[1]. Кроме этого он также был лектором при посещениях американскими ветеранами Второй мировой войны мест сражений[5].
Работы Томпсона, в числе которых три учебных пособия, с дополнениями многократно переиздавались как на английском, так и на других языках[6], и актуальны до нынешнего времени[7].
6 марта 2017 года Джон Томпсон «мирно» скончался в кругу своей семьи в Понте-Ведра-Бич (штат Флорида, США)[5][1].
Thompson J. M. Revolutionary Russia, 1917 (англ.). — New York: Scribner, 1981. — 206 p. — ISBN 0-02-420700-4.
Thompson J. M. Russia and the Soviet Union: An Historical Introduction (англ.). — New York: Scribner, 1986. — 306 p. — ISBN 0-02-420720-9. (В последующих переизданиях — «Russia and the Soviet Union: An Historical Introduction from the Kievan State to the Present»)
Thompson J. M., Gleason W. E. A Vision Unfulfilled: Russia and the Soviet Union in the Twentieth Century (англ.). — Lexington: D.C. Heath, 1996. — 612 p. — ISBN 0-669-28291-7.
Sacred Matters, Stately Concerns: Faith and Politics in Asia, Past and Present (англ.) / Ed. by J. M. Thompson. — New York: Peter Lang, 2014. — 234 p. — (Washington College Studies in Religion, Politics, and Culture). — ISBN 1-4331-1263-9.