В Чехословакию Тисо вернулся только в 1920 году. Он ненадолго обосновался в Брно, после чего перебрался в Братиславу, где изучал право. Получив образование, он был назначен на должность судьи в Тренчине и в 1938 году стал председателем краевого суда. В сентябре 1939 года, уже после образования Первой Словацкой республики, Штефан Тисо был вновь переведён в Братиславу и встал во главе Верховного суда Словакии.
После капитуляции был арестован и осуждён. В ноябре 1947 года Народный суд в Братиславе приговорил Штефана Тисо к 30 годам лишения свободы. Он не дожил до окончания срока и ушёл из жизни 28 марта 1959 года в тюрьме.