14 ноября 2003 года Римский папаИоанн Павел II назначил Франца-Петера Тебартц-ван Эльста вспомогательным епископом епархии Мюнстера и титулярным епископомГируса Таразийского. 18 января 2004 года состоялось рукоположение Франца-Петера Тебартц-ван Эльста в епископа, которое совершил епископ Мюнстера Райнхард Леттманн в сослужении с архиепископом Гамбурга Вернером Тиссеном и вспомогательным епископом епархии Мюнстера и титулярным епископом Гордуса Альфонсом Деммингом.
28 ноября 2007 года Римский папа Бенедикт XVI назначил Франца-Петера Тебартц-ван Эльста епископом Лимбурга.
Вскоре после своего назначения на должность ординария епархии Лимбурга Франц-Петер Тебартц-ван Эльст начал обновление епископской резиденции на Соборном холме в Лимбурге, что привело к значительной трате епархиальных средств[1]. В октябре 2013 года Конференция католических епископов Германии провела расследование деятельности епископа Франца-Петера Тебартц-ван Эльста и доложила о результатах проверке Римскому папе Франциску[2]. 21 октября 2013 года Римский папа Франциск принял на аудиенции епископа Франца-Петера Тебартц-ван Эльста[3].
Это событие очень широко разошлось по стране и бурно обсуждалось в СМИ. По поступившей информации на строительство резиденции Тебартц-ван Эльст потратил около 31 миллиона евро, а так же еще на 2 миллиона нанёс ущерба соседним с резиденцией зданиям — была повреждена черепица, штукатурка зданий, был брошен строительный мусор. C ноября 2013 года Тебартц-ван Эльст временно переведён в монастырь.
26 марта 2014 года папа Франциск принял отставку Тебартц-ван Эльста[4].