Тафтс переехал на Территорию Дакота в 1861 году и занимал должность секретаря законодательного совета территории Дакота. В 1862 году он был назначен уполномоченным США по урегулированию военных претензий на территории Дакота.
Тафтс в 1863 году переехал на Территорию Айдахо в 1863 году и служил в законодательном органе Территории Айдахо. Он был первым спикером Территориальной палаты представителей штата Айдахо[3].
Джеймс Тафтс был назначен территориальным секретарём Территории Монтана в 1867 году и занимал пост исполняющего обязанности губернатора с 1868 по 1869 год[4][5].