Футбольный клуб был основан в 2003 году после расформирования команды, представлявшей завод «Тяжмаш»[3]. В первом сезоне клуб занял 3 место в чемпионате Самарской области. В 2010 году стал победителем любительского первенства России в зоне «Приволжье» и получил право выступления во Втором дивизионе.
21 июня 2018 года было официально объявлено о прекращении существования клуба в связи с отсутствием финансирования[5][6]. Однако через четыре дня глава города Сызрань Николай Лядин заявил, что решение руководства ФК «Сызрань-2003» не подавать заявку на участие в Первенстве России по футболу среди команд ПФЛ в сезоне 2018—2019 годов было опрометчивым, и команда продолжит выступление в Первенстве ПФЛ в наступающем сезоне[7]. Молодёжная команда продолжит выступление в первенстве (III дивизион) и кубке МФС «Приволжье»[5]. 1 июля 2018 года о продолжении выступлений клуба на профессиональном уровне в сезоне 2018/19 было заявлено официально[8].
Ранее, команда уже дважды находилась под угрозой снятия с Первенства Второго дивизиона (ПФЛ): перед началом сезона-2015/16 и по ходу сезона-2017/18[9][10].
21 июня 2019 года клуб отозвал документы на получение лицензии ПФЛ[11]. Молодёжная команда➤, составленная из местных воспитанников, доиграла сезон 2019 года на любительском уровне — в первенстве и кубке МФС «Приволжье»[12].
После расформирования профессионального клуба команда «Сызрань-2003» стала играть на любительском уровне➤.
Администрация городского округа Сызрань АО АКБ «Земский Банк»
Группа Компаний «Криста»
2011 — 2015
Самарская область Администрация Самарской области Администрация городского округа Сызрань АО «Тяжмаш» АО АКБ «Земский Банк»
Группа Компаний «Криста»
2016 — н. в.
Самарская область Администрация Самарской области Администрация городского округа Сызрань АО «Тяжмаш» АО АКБ «Земский Банк»
ООО «Эридан» ООО «Специальное Конструкторско-Технологическое Бюро „Пластик“»
С 2020 года
В 2020 году команда «Сызрань-2003» приняла участие в первенстве и кубке МФС «Приволжье» (результаты: 5-е место из 6, 1/2 финала), в 2021 году — в Кубке МФС «Приволжье» (1/2 финала), а также чемпионате и кубке Самарской области[17][18]. В 2022 году команда «Сызрань-2003»/«Сызрань-2003 СШОР № 2»[19] играла в чемпионате и кубке Самарской области[20]. В 2023 году команда «Сызрань-2003» участвовала в первенстве III дивизиона (зона «Приволжье») и кубке МФС «Приволжье» (3-е место из 8, 1/4 финала).
В 2023 году команда «Сызрань-2003 СШОР № 2» заняла 4-е место в чемпионате Самарской области[21] (в СМИ называлась также как «Сызрань-2003»)[22] и выиграла кубок Самарской области[23]
