Семья в 1867 году переехала в Москву для обучения старшего брата Андрея в Катковском лицее, а затем в университете. Из-за плохого состояния здоровья Николая семья вынуждена была вернуться в Великую Кручу в 1875 году[7]. Заканчивал гимназическое образование Николай во 2-й Киевской гимназии, которую окончил в 1881 году с золотой медалью[1].
… мы с братом будто поменялись судьбами — то, что предназначено было сделать ему — стать педагогом, сделал я, а он — земским деятелем; хотя оба мы на всю жизнь сохранили приверженность исторической науке
Оригинальный текст (укр.)
...ми з братом мов помінялися долями – що йому малося бути педагогом, зробив я, а він – земським діячем; проте обоє ми залишилися на увесь свій вік прихильні до історичної науки
В конце XIX — начале XX вв. публиковался в ряде журналов, в частности, таких как «Киевская старина», «Историческая вестник», «Русская мысль», «Церковь и народ»[1].
С 1902 по 1910 год содействовал старшему брату Андрею в составлении и издании многотомного[2]фамильного архива «Стороженки»[9], содержащего историю рода Стороженко за несколько веков. В богатой отделке и на высоком уровне научной обработки тиражом 200 экземпляров было издано 7 томов фамильного архива, экземпляры которых в настоящее время являются большой библиографической редкостью[2]. Всего было запланировано 8 томов, но 5-й том, в котором планировалось издать письма Николая Ильича Стороженко и Василия Горленко, ввиду недостатка финансовых средств[7] опубликован не был[2]. Археографическая ценность данного архива высоко оценена специалистами, в частности, Дмитрием Багалеем, Александром Оглоблиным, Дмитрием Дорошенко, Вадимом Модзалевским[7], и в настоящее время он также представляет большое научное значение[7].
Стороженко Н. В. Охочекомонный полковник Илья Фёдорович Новицкий. К., 1885
Стороженко Н. В. История составления «Топографического описания Черниговского наместничества» Шафонского (Эпизод из южно-русской историографии) // Университетские известия. К., 1886. № 10 (октябрь). С.135-168.
Стороженко Н. В. Отчёт о занятиях в архивах — Киевском центральном и Яготинском кн. Н. В. Репнина //Университетские известия. К., 1886. № 11 (ноябрь). С.213-238.
Стороженко Н. В. Очерк литературной деятельности А. Я. Стороженка. К., 1886.
Стороженко Н. В. К истории рода Свечек // Киевская старина. 1887. № 11. С.580-584.
Стороженко Н. В. К истории землевладения в эпоху Богдана Хмельницкого //Киевская старина. 1888. № 7. С.11-13.
Стороженко Н. В. Эпизод из истории малорусских крестьян //Киевская старина. 1888. № 6. С.76-78.
Стороженко Н. В. Отношение западнорусских дворян второй половины XVII в. к вопросам религиозным и сословным //Архив Юго-Западной России. К.: Временная комиссия для разбора древних актов при Киевском, Волынском и Подольском генерал-губернаторе. 1888. Ч.2. Т.2. С.1-49.
Стороженко Н. В. Из истории Нежинских греков //Киевская старина. 1890. № 6. С.540-544.
Стороженко Н. В. Две грамоты митрополитов Киевских Самуила Миславского (1783—1796 г.) и Иерофея Малицкого (1796—1799 г.) //Киевская старина. 1890. № 12. С.511-514.
Стороженко Н. В. Заметка А. И. Чепы о таможнях //Киевская старина. 1890. № 12. С.514-515.
Стороженко Н. В. Полуботок или Свечка? (Эпизод из истории малороссийского землевладения второй половины XVII в.) //Киевская старина. 1890. № 12. С.434-447.
Стороженко Н. В. Чудотворная икона Божьей Матери в с. Ржавце //Киевская старина. 1890. № 7/8. С.11-12.
Стороженко Н. В. Вакуленко Семён, сотник Пирятинский (1696—1720) //Киевская старина. 1891. № 1. С.119-153. [Окрема відбитка з «Киевской старины»].
Стороженко Н. В. Отрывки из фамильных преданий и архивов //Киевская старина. 1891. № 2. С.320-33; № 5. С.303-309; № 7. С.141-147.
Стороженко Н. В. Письмо графа Румянцева-Задунайского к генерал-прокурору князю А. А. Вяземскому о награждении малороссиян чинами //Киевская старина. 1891. № 1. С.76-177.
Стороженко Н. В. «Малорусские суеверия, коим мало кто верил», собранные в 1776 г. (рукопись А. И. Чепы) // Киевская старина. 1892. № 1. С.119-130.
Стороженко Н. В. Мельницы в г. Козельце (универсалы XVII в.) //Киевская старина. 1892. № 3. С.496-497.
Стороженко Н. В. Записка Иоасафа Кроковского митрополита Киевского (1712) //Киевская старина. 1892. № 2. С.347-348.
Стороженко Н. В. Два письма А.Стороженка к Л.Сапеге 1610 г. //Чтения исторического общества Нестора-летописца. 1893. Кн.7. Отд.3. С.69-72.
Стороженко Н. В. К портрету князя Николая Григорьевича Репнина. К.: Тип. Имп. Университета Св. Владимира. 1898. 10 с.
Стороженко Н. В. К истории декабристов //Исторический вестник. 1898. Т.72. №.5. С.675-677.
Стороженко Н. В. Моё знакомство с П. А. Кулишем //Под знаменем науки: Юбилейный сборник в честь Н. И. Стороженка, изданный его учениками и почитателями. М., 1902. С.244-248.
Стороженко Н. В. Н. И. Костомаров в Киевской I-гимназии // Чтения исторического общества Нестора-Летописца. 1911. Кн. 22. Вып.1/2. Отд.5. С. 1-8.
Стороженко Н. В. Киевское главное народное училище (1 мая 1789 — 5 ноября 1809 г.) //Чтения исторического общества Нестора-Летописца. 1912. Кн.22. Вып.3. Отд.1. С.92, 95.
Стороженко М. В. Осадження м. Крилова //Записки історично-філологічного відділу ВУАН. К., 1919. Кн.1. С.116-119.
Стороженко М. В. До біографії П.Куліша. Куліш у києво-печерській школі //Записки історично-філологічного відділу ВУАН. К., 1923. Кн.2/3. С.198-202.
Стороженко М. В. До біографії П.Куліша. Листи Куліша до М. В. Стороженка //Записки історично-філологічного відділу ВУАН. К., 1923. Кн.2/3. С.202-215.
Стороженко М. В. [Уривки з спогадів М. В. Стороженка про В.Антоновича] //Дорошенко Д. І. Володимир Антонович, його життя, наукова та громадська діяльність. Прага: Вид-во Ю.Тищенка, 1942. С.87, 97.
↑Модзалевский В. Л.От составителя // Малороссийский родословник. — Киев: Типография Г. Л. Фронцкевича и Ко, 1908. — Т. 1. А-Д.. — 519 с. Архивировано 22 февраля 2014 года.Архивированная копия (неопр.). Дата обращения: 1 августа 2012. Архивировано 22 февраля 2014 года.
Новохатня Наталя.Микола Стороженко — історик та педагог: матеріали до бібліографії (укр.) // Відп.ред. Ю. А.Пінчук Історіографічні дослідження в Україні : Збірник наукових праць на пошану вченого-історика, доктора історичних наук, професора Р.Г.Симоненка. — Київ: Інститут історії України НАНУ, 2002. — Вип. 11. — С. 182—192. — ISBN 966-02-2551-2.
Пазюра Н. В.Микола Стороженко у світлі своїх спогадів // Історіографічні дослідження в Україні : збірник наукових праць. — Київ: Інститут історії України НАНУ, 2008. — Вып. 19. — С. 229—239.
Масненко В. В. Самоідентифікація українських істориків у контексті становлення національної історичної думки (брати А.В. та М.В.Стороженки, І.А.Линниченко, Д.І.Багалій) (укр.) // Ред. акад. НАНУ П. П. Толочко. Київська старовина : науковий історико-філологічний журнал. — Київ, 2002. — Вип. 6. — С. 92—106. — ISSN0869-3595.