В 1941 году в начале Великой Отечественной войны был мобилизован Ленинградским горкомом КПСС и в качестве редактора направлен в Госполитиздат, а 17 декабря того же года был эвакуирован в Ташкент, где в то время уже находился Институт истории[2].
В 1947 году вернулся на исторический факультет, где преподавал до 1956 года, после чего посвятил себя Институту истории. В 1947 году защитил докторскую диссертацию. В 1950 году за свои исследования получил Сталинскую премию второй степени за 1949 год.
Классовые противоречия в феодальной деревне в России в конце XVI в. // Проблемы истории материальной культуры. — 1933. — № 5/6. — С. 59—73;
Бакланов Н. Б., Мавродин В. В., Смирнов И. И. Тульские и Каширские заводы в XVII в. — М.: ОГИЗ, 1934. — 160 с. — (Известия Гос. академии истории материальной культуры имени Н. Я. Марра. Вып. 98);
Классовая борьба в Московском государстве в первой половине XVI в. // Проблемы истории докапиталистических обществ. — 1935. — № 9/10. — С. 74—108;
Иван Грозный; Л., 1944;
Восстание Болотникова 1606‒1607 гг; Госполитиздат, 1951;
Краткий очерк истории восстания Болотникова; Госполитиздат, 1953;
Очерки политической истории Русского государства 30‒50-х г. XVI в.; М.-Л., 1958;
Заметки о феодальной Руси XIV—XV вв. // История СССР, 1962, № 2, 3;
Очерки социально-экономических отношений Руси XII‒XIII вв., М.-Л., 1963.
Валк С. Н.Иван Иванович Смирнов // Крестьянство и классовая борьба в феодальной России: Сборник статей памяти И. И. Смирнова. — 1967. — С. 5—41. — (Труды ЛОИИ. Вып. 9).