В 1999 году был утверждён список населённых пунктов Вологодской области. Согласно этому списку на территории современного Нюксенского сельского поселения существовали:
Нюксенский сельсовет с центром Нюксеница, включавший 2 населённых пункта (ОКАТО 19 236 844),
Березовский сельсовет с центром в селе Нюксеница (не входило в состав сельсовета), включавший 14 населённых пунктов (ОКАТО 19 236 802),
Бобровский сельсовет с центром Бобровское, включавший 13 населённых пунктов (ОКАТО 19 236 804),
Дмитриевский сельсовет с центром Красавино, включавший 8 населённых пунктов (ОКАТО 19 236 828, 8 населённых пунктов),
Уфтюгский сельсовет с центром Лесютино, включавший 14 населённых пунктов (ОКАТО 19 236 840).
16 ноября 2000 года в Бобровском сельсовете была зарегистрирована новая деревня Заречье[4][5].
23 августа 2001 года были упразднены деревни Пепелье, Брызгалово Бобровского сельсовета[4][6].
Нюксенское сельское поселение с центром Нюксеница, в которое вошли Нюксенский и Березовский сельсоветы,
Бобровское сельское поселение с центром Бобровское, в которое вошёл Бобровский сельсовет,
Красавинское сельское поселение с центром Красавино, в которое вошёл Дмитриевский сельсовет,
Уфтюгское сельское поселение с центром Лесютино, в которое вошёл Уфтюгский сельсовет[7].
8 апреля 2009 года сельские поселения Бобровское, Красавинское, Нюксенское, Уфтюгское были объединены в муниципальное образование Нюксенское с центром в селе Нюксеница[8].
Населённые пункты
С июля 2020 года в состав сельского поселения входят 5049 населённых пунктов[9], в том числе:
.png){kind=small}
.png)