Парусный фрегат одного из наиболее многочисленных подклассов фрегатов в Российском флоте, строившихся начиная с последней четверти XVIII века до середины XIX века. С 1789 года в Российском флоте был введен ранг 44-пушечных фрегатов, и с этого времени все фрегаты, имевшие от 40 до 46, а затем и более орудий, числились 44-пушечными. Назван в честь взятия 6 декабря 1788 года русскими войсками турецкой крепости Очаков в день Святого Николая.
Водоизмещение судна составляло 1840 тонн, длина — 45,7 метра, ширина — 13 метров, а осадка по различным данным от 4,6 до 6 метров. Экипаж фрегата состоял из 437 человек. Вооружение по состоянию на 1790 год состояло их двадцати двух 24-фунтовых медных пушек и четырёх 1-пудовых медных «единорогов» на деке, двадцати 18-фунтовых медных пушек и четырёх 7-фунтовых медных пушек на шканцах и баке. При этом 24- и 18-фунтовые медные пушки были взяты из осадной артиллерии, а 7-фунтовые — из трофейных турецких. К 1798 году 7-фунтовые пушки с фрегата были сняты[1][2][3].
29 ноября 1790 года перешёл из Николаева в Севастополь. Принимал участие в русско-турецкой войне 1787—1791 годов. 10 июля 1791 года вышел на поиск флота противника в составе эскадры контр-адмиралаФ. Ф. Ушакова. 11 июля у Балаклавы русские суда обнаружили противника и до 15 июля фрегат в составе эскадры принимал участие в преследовании турецких судов, пытаясь принудить их к бою, но противнику удалось уклониться от боя, а в ночь на 16 июля уйти от преследования. 19 июля вместе с эскадрой вернулся в Севастополь, а 29 июля вместе с ней вышел по направлению к румелийскому берегу. 31 июля (11 августа) 1791 года участвовал в сражении при Калиакрии под командованием капитана второго ранга Львова в составе той же эскадры. За храбрость, проявленную в этом сражении, командир фрегата «Святой Николай» был награждён золотой шпагой. После сражения крейсировал у Варны, а 20 августа вместе с эскадрой вернулся в Севастополь[1][2][3].
В 1792 и 1793 годах находился в Севастополе и в 1793 году был переквалифицирован во фрегаты. С 1794 по 1797 год и в мае 1798 года выходил в практические плавания в Чёрное море в составе эскадр[1][3].
Принимал участие в войне с Францией 1798-1800 годов. 13 августа 1798 года вышел из Севастополя в Средиземное море в составе эскадры вице-адмирала Ф. Ф. Ушакова для совместных действий с турецким флотом против Франции и 24 августа эскадра прибыла в Буюк-дере. 20 сентября русско-турецкая эскадра вышла из пролива Дарданеллы в Архипелаг. 30 сентября корабли эскадры подошли к острову Цериго и начали бомбардировку крепости Капсала, 1 октября крепость капитулировала. 13 октября эскадра прибыла к острову Занте, и на следующий день крепость острова капитулировала. На фрегате с острова Занте в Константинополь были доставлены пленные французы. 31 октября эскадра подошла к острову Святой Мавры бомбардировала крепость и высадила десант, а 2 ноября крепость капитулировала. 9 ноября эскадра подошла к Корфу и установила блокаду крепости с моря. 18 февраля 1799 года фрегат принял участие в штурме Корфу, вёл бомбардировку батареи № 2 на острове Видо и высадил десант. 15 апреля в составе отряда капитана 2-го ранга А. А. Сорокина ушёл из Корфу к южному берегу Италии. 23 апреля отряд подошел к Бриндизи, где с кораблей был высажен десант, захвативший городскую цитадель. 1 мая корабли отряда подошли к городу Мола, и после обстрела береговых укреплений город капитулировал. 2 мая с кораблей отряда был высажен десант у Бари, а 9 мая в Манфредонии. 23 июня фрегат вместе с отрядом вернулся в Корфу. 24 июля фрегат вышел из Корфу для совместных действий с английским флотом в составе эскадры Ф. Ф. Ушакова и 3 августа прибыл в Мессину. 19 августа в составе отделившегося от эскадры отряда А. А. Сорокина ушёл в направлении Неаполя для поддержки операций десантного отряда капитана 2-го ранга Г. Г. Белли, куда прибыл 25 августа[1][3].
14 октября фрегат был введен в гавань Неаполя и поставлен на килевание. В январе 1800 года был получен приказ Ф. Ф. Ушакова о возвращении отряда в Корфу, но по просьбе неаполитанского правительства и с Высочайшего повеления, фрегат остался в Неаполе. После возвращения русской эскадры в Россию, «Святой Николай» остался в Италии в составе отряда кораблей под командованием капитана второго ранга Сорокина.
Корпус фрегата прогнил и 12 апреля1801 года его вывели из состава флота. 26 июля 1802 года его продали в Неаполе за 11 460 дукатов[2], а пушки с фрегата были погружены на борт фрегата «Михаил», который доставил их на Корфу[4].
Чернышёв А. А. Российский парусный флот. Справочник. — М.: Воениздат, 1997. — Т. 1. — 312 с. — (Корабли и суда Российского флота). — 10 000 экз. — ISBN 5-203-01788-3.