9 (21) мая 1839 года назначен старшим адъютантом штаба корпуса жандармов с оставлением в том же полку. 12 (24) апреля 1843 года назначен старшим адъютантом управления делами Императорской главной квартиры и собственного Его Величества конвоя.
6 (18) января 1848 года произведён в полковники с зачислением по армии и военному министерству.
С уходом в отставку (1862) произведён в генерал-майоры. Поселился в своём родовом имении Бектышево вместе с супругой. Этот период характеризуется в работах естественно-исторического отдела Переславль-Залесского историко-художественного и архитектурного музея-заповедника как «время культурного расцвета имения», архитектурно-паркового комплекса, созданного в начале XIX века.
Семья
В 1836 года был женат на Надежде Фёдоровне Львовой (09.04.1816[3]—1895), дочери литератора Фёдора Петровича Львова (1766—1836) и второй жены его Елизаветы Николаевны Львовой (1788—1864); внучке архитектора Н. А. Львова. Родилась в Петербурге, крещена 10 апреля 1816 года в Морском Богоявленском соборе при восприемстве Г. Державина и тетки П. Н. Львовой. Славилась как исполнитель и автор музыкальных композиций, романсов, оперетт. По легенде, изложенной в романе К. А. Большакова «Бегство пленных», Надежда Фёдоровна была одной из многочисленных фавориток Николая I и любовницей М. Ю. Лермонтова. Это якобы повлияло на резкое ухудшение отношения императора к поэту.
Дети:
Пётр Евгеньевич (1837—1908), золотопромышленник; женат на дочери генерала В. М. Козловского Наталье.
Елизавета Евгеньевна (23.08.1840, Веймар — ?), с 1863 года — жена Николая Степановича Волкова (1810—1869), во втором браке за Н. А. Вагановым (1837—1899). Была организатором «Майского союза» (1898 г.), одного из первых в России экологических обществ[4]. В браке с Волковым родился сын — Евгений Николаевич Волков (генерал-лейтенант, губернатор Черноморской и Таврической губерний, градоначальник Москвы)[5].
Самсонов был главным действующим лицом исторических романов К. А. Большакова «Бегство пленных» и «Царь и поручик»; с точки зрения этого персонажа описан петербургский свет времён Николая I, Лермонтова, Бенкендорфа (адъютантом которого был Самсонов).